Situé dans le quartier de Shinjuku, le propriétaire d'un Izakaya, connu par ses clients sous le nom de "Master", ouvre son restaurant de minuit à sept heure du matin. Son menu est limité à du tonjiru (soupe miso au porc), de la bière, du saké et du shochu. Cependant, il est prêt à cuisiner tout ce que ses clients lui demandent à condition qu'il ait les ingrédients à sa disposition. Chaque épisode se concentre sur un client, sa relation avec un plat et un conflit personnel à résoudre, certains plus lourds que d'autres. La clientèle du petit restaurant est représentative de la variété du très dense quartier de Shinjuku. D'anciens acteurs, des hommes d'affaire, des danseurs exotiques, des directeurs de films ainsi que des drag-queens viennent se retrouver dans cette oasis de chaleur et de calme qui contraste avec l'ambiance des rues de Shinjuku.
Akiko, femme d'âge moyen vivant avec sa mère, travaille en tant qu'éditrice. Mais un jour sa mère meurt en lui laissant un restaurant. Elle décide finalement de le reprendre abandonnant ainsi son travail, pour y servir des repas composés essentiellement de pains et de soupes. Celle-ci va aussi recueillir un chat errant qu'elle nommera Taro, le chat remplaçant la présence de ça mère dans l'appartement.
Berg, étudiant en médecine confiant, et Pete, étudiant en architecture anxieux, vivent en colocation et travaillent comme livreurs de pizza. Ils se lient d’amitié avec leur voisine Sharon. Leur groupe s’agrandit avec Ashley, la petite amie de Berg, Johnny, le petit ami de Sharon, puis Irène en saison 4, formant un cercle d’amis inséparable.