L'histoire suit les aventures d'un club de ping-pong un peu particulier : les joueurs sont en effet plus portés « sur la culotte » et les blagues obscènes que sur le jeu. L'arrivée d'Iwashita, nouveau responsable du club, permet de changer les choses, ce dernier parvenant tant bien que mal à intéresser ses joueurs indisciplinés au ping-pong. Une mission difficile tant les tentations du monde extérieur sont grandes pour nos protagonistes.
Mira a toujours rêvé de faire partie d'un club d'astronomie une fois au lycée. Cette passion pour les astres date du jour où quelqu'un lui avait promis de découvrir de nouveaux astéroïdes, lorsqu'elle était plus jeune. Mais le lycée qu'elle vient d'intégrer a supprimé son club d'astronomie un an plus tôt et Mira doit se résoudre à fréquenter le club des sciences de la vie et de la terre.
Le lycée Kitauji avait un club de musique de haut niveau, mais il est tombé en désuétude quand son responsable est parti. En attendant, avec ses camarades de classe Hazuki et Sapphire, Kumiko Ômae vient observer un club de fanfare. Kumiko joue de l'euphonium et elle se laisserait bien entraîner dans cette aventure, mais quand elle croise Reina, une ancienne camarade de classe, elle hésite. Un incident avec Reina, durant un concours de musique, est resté gravé dans ses souvenirs…
Hasegawa Kodaka est un étudiant souvent transféré d'école en école qui a du mal à se faire des amis et à nouer une quelconque relation. Ses cheveux blonds ne l'aident pas dans sa tache car les gens ont tendance à le prendre pour un délinquant. Un jour il rencontre Yozora, une camarade de classe solitaire avec un sale caractère, alors qu'elle parlait avec entrain à son ami imaginaire, Tomo. Conscients qu'aucun d'eux n'ont d'amis réels, ils décident que la meilleure façon de changer cette situation est de former un club et de commencer le recrutement. C'est ainsi que le « Rinjinbu » fut formé, un club spécialement conçu pour les personnes qui n'ont pas d'amis. Le club se remplit lentement mais surement, ils vont essayer de construire des liens à travers des activités. Mais ce groupe de marginaux va-t-il réussir à s'entendre ?
L'équipe de baseball du collège Takagi termine sa saison sans une seule victoire. Son lanceur, Eijun Sawamura, a à coeur de prendre sa revanche avec ses coéquipiers, une fois au lycée.
Makoto Tsukimito (surnommé Smile) est un lycéen calme, lié d'amitié avec l'énergique Yukata Hoshino (surnommé Peco) depuis son enfance. Ils sont tous les deux membres du club de Ping Pong local et possèdent tous deux un talent naturel pour ce dernier. Cependant, la personnalité de Smile l'empêche toujours de gagner contre Peco. Le professeur supervisant le club remarque le talent de Smile, et tente de lui faire gagner un peu de ténacité sportive.
Hina Tsurugi, citadine de son état, vient d’emménager à la campagne. C’est une jeune fille introvertie qui fuit les contacts. Hina pensait s’inscrire au club de travaux manuels de son lycée mais lors d’une balade, elle fait la rencontre de Yûki Kuroiwa et devient malgré elle membre du club d’initiation… à la pêche ! Entourée de nouveaux camarades hauts en couleur, son quotidien de lycéenne va prendre un tournant des plus inattendus !
Après avoir battu les champions en titre de Hakone, le club de cyclisme de Sôhoku se réorganise. Certains membres en terminale se retirent tandis que les seconde Sakamichi, Shunsuke et Shôkichi préparent une nouvelle équipe avec leur nouveau capitaine. Mais les membres de Hakone sont bien décidés à prendre leur revanche en recrutant également de nouveaux équipiers. D’autres rivaux redoutables les attendent pour cette nouvelle année de compétitions interlycées.
Free! nous entraîne dans la vie de quatre lycéens passionnés de natation et se connaissant depuis l'école primaire.
Misora Kanata est une élève de première année de l'équipe de pom-pom girls du lycée Takanosaki. Elle était championne nationale au collège, mais depuis une erreur lors d'une compétition, elle a un problème pour sauter. Elle devient amie avec Suzuha, Shion, Anna, Onka et Megumi pour former les PoMPoMs. Leur nouvelle équipe va au-delà du cheerleading pour atteindre le cœur des personnes qu'elles encouragent. Elles pourraient bien changer le monde !
Shôyô Hinata, surnommé Shô, aime plus que tout jouer au volley-ball et ce, malgré sa petite taille. Malheureusement, suite à une sévère défaite, son club de collège a été dissous, tous les membres étant partis. Mais Shô est bien décidé à jouer de nouveau et choisit son futur lycée en fonction de son ambition. Il intègre donc le lycée Karasuno, où a joué son idole, le Petit Géant, tout en espérant faire aussi bien que lui.
Sora Kurumatani a tous les atouts pour réussir dans sa passion : le basketball ! Il est très agile, rapide, possède un excellent sens du jeu, est bon aux shoots, dribleur, passeur… Sora n’a qu’un défaut : il est petit ! Trop petit pour intégrer le club de son lycée ? C’est à voir. Car le club de basket est formé de têtes brûlées bien peu motivées par le sport. Sans avoir donc la carrure d’un champion, ou le charisme d’un dunkeur, Sora va tout mettre en œuvre pour reconstituer une équipe digne de ce nom et partir à la conquête… d’une première victoire.
L'histoire suit l'enseignant et campeur solo vétéran Kensuke, qui forme un groupe de camping avec quatre filles.