Free! nous entraîne dans la vie de quatre lycéens passionnés de natation et se connaissant depuis l'école primaire.
Rein est un “Beast Tamer”, un dompteur de bêtes qui se bat aux côtés d’un héros et de son groupe pour abattre le Roi Démon. Mais un jour, ses camarades le déclarent inutile et le virent du groupe. Il décide alors de suivre son propre chemin. Il croise la route d’une Servale, Kanade, la plus puissante de la tribu des hommes-chats. Après avoir risqué sa vie pour la sauver, Rein passe un contrat avec elle et tous les deux entament une nouvelle vie d'aventuriers. Mais d’autres personnes remarquent leurs pouvoirs…
Face à des enjeux colossaux, plusieurs marginaux vont devoir s'allier pour voler un artefact à un mage diabolique.
Dans un futur très lointain, les humains ont abandonné la planète Terre pour aller dans le monde supérieur appelé "Tenjo". Mais Tenjo s'effondra suite à une guerre et les humains durent retourner sur la Terre, qui s'est transformée en une terre inhabitable pour l'Homme. Seul le territoire Shinshu est habitable, mais il est trop petit pour que tous les humains y vivent. Ils vont donc dupliquer ce territoire et créer "Juso Sekai" dans un monde parallèle. Dans le but de reconstruire "Tenjo", les humains décidèrent de reproduire leur histoire en commençant en 10 000 avant J. C. Mais en 1413, une guerre fut déclenchée à Shinshu et Juso Sekai tomba dans le monde originel. Les humains de Juso Sekai envahirent alors le monde originel et le territoire de Shinshu fut divisé par les envahisseurs. Arrivés en 1648, une rumeur selon laquelle l'apocalypse serait proche commence à se répandre.
Akiko, femme d'âge moyen vivant avec sa mère, travaille en tant qu'éditrice. Mais un jour sa mère meurt en lui laissant un restaurant. Elle décide finalement de le reprendre abandonnant ainsi son travail, pour y servir des repas composés essentiellement de pains et de soupes. Celle-ci va aussi recueillir un chat errant qu'elle nommera Taro, le chat remplaçant la présence de ça mère dans l'appartement.
Choi Jeong Wu est un simple étudiant peu ouvert d'esprit ayant souvent changé d'école à cause du travail de son père. Meilleure élève de l'école et présidente de sa classe, Yang Ah Yeong est une jeune fille réservée n'exprimant jamais ses sentiments. Im Deok Won est un étudiant très naïf mais gardant toujours le sourire. Aussi surnommé « Ours brun », Lee Yeok Ho est réputé comme étant la terreur du lycée, bien qu'il soit en réalité un être bienveillant ayant pour rêve de devenir boxeur professionnel. Sin Yeong Bok et Lee Won Il appartiennent également au gang du lycée et passent la plupart de leur temps à intimider leur camarades. Jang Hyeon Jin est l'une des meilleurs élèves du lycée et amie d'Ah Yeong, mais elle finira pourtant par éprouver de la jalousie envers cette dernière qui deviendra encore plus populaire grâce à sa relation avec Jeong Wu.
Yamada est un délinquant, un fainéant, et surtout s’ennuie à mourir dans son école privée. Du moins, jusqu’au jour où sa vie prend une toute autre direction, et pas n’importe laquelle. Qui aurait cru que tomber dans les escaliers avec la première de la classe les aurait fait échanger leur corps ? C’est pourtant le cas, car notre cher délinquant se retrouve maintenant coincé dans le corps de la belle, mais néanmoins asociale Shiraishi ! Et, pendant que lui galère à découvrir ce que ça fait d’être une fille, elle ne pense qu’à ses études, laissant Yamada vivre une journée pour le moins... d’enfer !
Staz n’est pas un vampire comme les autres. En effet, il ne se nourrit pas de sang et rejette le fait d'être un vampire. Staz est le chef d'un territoire faisant partie du monde des démons. Un jour, une humaine nommée Fuyumi Yanagi atterrit par hasard dans ce mystérieux monde et fait la connaissance de Staz. Malheureusement, la jeune fille se fait dévorer par une plante carnivore et devient un fantôme. Staz décide donc de la ressusciter en partant dans une quête où il rencontrera plusieurs rivaux et ennemis.
Lors du grand cataclysme connu sous le nom de « Summer Of Love », Adrock Thurston, imminent chercheur, réussi à sauver la planète en y laissant sa propre vie. Renton Thurston, son fils, fut alors élevé par son grand père, mécanicien de son état, et vit banalement en banlieue de la cité de Belforest. Ce qui motive Renton, pré-adolescent d'à peine 14 ans, c'est le « lift », sorte de sport qui consiste a surfer sur des vagues de TraPar. Souvenir du Summer Of Love, le TraPar (Transparence Light Particule), sorte de courant, invisible comme l'air, présentant des vagues comme un océan, offre à Renton sa principale occupation: lifter de grandes vagues de TraPar et devenir un jour peut-être comme son idole Holland, pro du lift. Malheureusement pour lui, en plus d'être ennuyante, Belforest, ville natale de Renton ne fait l'objet que de petites vagues de TraPar, pas de quoi réaliser de figures impressionnantes.
En l'an 2000, une gigantesque explosion se produit en Antarctique, provoquant un cataclysme qui dévaste une grande partie de la planète. Les autorités déclarent que cette catastrophe est due à la chute d'un astéroïde. Quinze ans plus tard, l'humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon, construite après le Second Impact. Pour les combattre, l'organisation secrète NERV a mis au point une arme ultime, l'« Evangelion » ou « Eva », géant anthropoïde piloté comme une simple mécanique, mais en réalité créature bien mystérieuse. Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis 10 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…