La grande fête sportive de Konoha

Kusanagi et toute la section 9 doivent débusquer un terroriste connu sous le nom de "Fire Starter" qui libère un virus affectant les cyber cerveaux.

Le film propose deux histoires : "Ishi Okoshi" (the Waking Rock) et "Ayashiki Raihôsha" (the Strange Visitor). Dans la première histoire, Takashi Natsume croise par hasard la route d'un yôkai prénommé Mitsumi. Ce dernier a pour mission d'éveiller Iwatetsu, un yôkai de rang divin. Dans la seconde histoire, Kaname Tanuma fait la connaissance d'un homme mystérieux qui, par la suite, va lui rendre visite régulièrement. Cette nouvelle amitié l'enchante mais Natsume reste méfiant : il sait que cet homme est un yôkai et il s'inquiète pour son ami. Une méfiance fondée puisqu'au bout d'un certain temps, la santé de Tanuma se détériore.

En 1966, dans un Japon sous tension à cause de la guerre du Vietnam, des militaires américains stationnés à la base aérienne de Yokota doivent faire face à un danger inattendu : des vampires, immondes créatures se nourrissant de chair humaine, seraient infiltrés parmi eux. Une équipe d'agents secrets, spécialement formés pour combattre ces créatures de la nuit, est envoyée sur place pour les démasquer et les éliminer. Parmi eux se trouve une mystérieuse adolescente, Saya, dotée de pouvoirs surnaturels…

L’Alchemia, qui régit le continent de Babel, n’est plus. Les démons des ténèbres prennent petit à petit place, dans ce monde devenu désolé. Dans la vie de tous les jours, Kasumi est une élève un peu maladroite. Son quotidien changera quand elle se verra invoquée dans le continent de Babel.

À Metropolis, une cité futuriste, humains et robots cohabitent, mais vivent dans des espaces bien délimités… Dans une atmosphère baignée par la musique de jazz, cette cité est le théâtre d'une enquête de police menée par un inspecteur japonais et son jeune neveu, Kenichi, au sujet d'un savant accusé de trafic d'organes, le docteur Laugthon, et qui va s'avérer être au service de l'homme le plus puissant de la ville. Celui-ci utilise les services du savant pour créer un robot ultra-moderne, ayant l'apparence d'une petite fille, Tima. Ce robot est la clé d'une arme secrète destinée à lui assurer la domination du monde, la Ziggurat, une haute tour à l'image de la tour de Babel, conçue pour égaler Dieu.