Dans une société où les héros et les vilains s'affrontent continuellement au nom de la paix et du chaos, Deku, un étudiant du lycée U.A. qui aspire à devenir le meilleur héros possible, affronte celui qui imite le héros qu'il admire depuis longtemps. Deku et les autres élèves de la classe 1-A du lycée U.A. pourront-ils protéger le monde en mettant fin aux agissements de Dark Might, l'homme qui prétend être le nouveau symbole de la paix ?
Nous sommes en l'an A.D. 2307. Le monde a épuisé toutes les ressources combustibles de la planète et l'ère solaire a débuté. Dans cette course à l'énergie, trois grandes puissances ont réussi à s'imposer en créant des ascenseurs orbitaux (AEU, USEFN, HRL). Cependant, le partage de cette nouvelle ressource crée des conflits entre ces trois grands qui se disputent le marché, mais aussi avec les autres pays qui ne bénéficient pas de l'exploitation de cette dernière. Religion, économie et politique sont les principales raisons des incessantes guerres civiles qui se déroulent un peu partout à la surface du globe. Alors que l'AEU présente au monde sa nouvelle armure mobile fonctionnant uniquement à l'énergie solaire, une Mobile Suit inconnue débarque et détruit cette dernière sans difficulté. Un peu plus tard, deux autres armures mobiles similaires font échouer un attentat visant un ascenseur orbital…
Ère cosmique, année 75 : les conflits font toujours rage. Mouvements indépendantistes, offensives du Blue Cosmos… Afin d'enrayer cette spirale naît l'organisation de surveillance de la paix dans le monde « COMPASS », sous l'égide de Lacus et au nom de laquelle Kira et ses camarades sont amenés à intervenir dans les conflits de par le monde. C'est alors que le jeune royaume de Fondation leur propose de mener une opération conjointe contre le quartier général du Blue Cosmos…
Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.
Un chef de gang a disparu, ainsi qu'une énorme somme d'argent qu'il avait en sa possession. Ses hommes se mettent à sa recherche, pensant d'abord à un coup d'une bande rivale. Mais ils découvrent rapidement que c'est un tueur professionnel qui se cache derrière toute cette affaire.
Au pays de Crèmes Glacées, Caramiel rencontre d'autres poneys et décide de rester dans ce merveilleux pays. Mais quand elle se rend compte que ses amis humains ont besoin d'elle, elle change d'avis.
Dans la ville de Saima, alors que l'été est sur le point de commencer, un groupe de six lycéens a l'intention de vivre une aventure secrète en passant sept jours d'insouciance dans une installation minière délabrée.