Ayant un problème avec son arme, Jigen part en quête du meilleur armurier du monde. Il le trouve en la personne de Lady Chiharu, qui tient une boutique de montres, où il rencontre Oto, à la recherche d'une arme. Jigen découvre les secrets d'Oto et de la mystérieuse organisation dont elle est la cible. Lorsqu'Oto se fait enlever, Jigen s'engage dans un combat desespéré pour la sauver.
Un homme poursuivi par des yakuzas est sauvé de justesse par Shinkai. Décidé à devenir honnête et à se rendre à la police, il confie son jeune fils au moine en lui demandant de l'amener chez son grand-père, maitre dans un dojo de Ju-Jitsu. Une fois arrivé sur place, Shinkai va devoir faire face au refus du grand-père, aux yakuzas locaux et à Ryotatsu, son ennemi juré devenu aveugle et revenu d'entre les morts bien décidé à se venger.
À la fin des années 80, Oh Dae-Soo, père de famille sans histoire, est enlevé un jour devant chez lui. Séquestré pendant plusieurs années dans une cellule privée, son seul lien avec l'extérieur est une télévision. Par le biais de cette télévision, il apprend le meurtre de sa femme, meurtre dont il est le principal suspect. Au désespoir d'être séquestré sans raison apparente succède alors chez le héros une rage intérieure vengeresse qui lui permet de survivre. Il est relâché 15 ans plus tard, toujours sans explication. Oh Dae-Soo est alors contacté par celui qui semble être le responsable de ses malheurs, qui lui propose de découvrir qui l'a enlevé et pourquoi. Le cauchemar continue pour le héros.
Aniki Yamamoto, un yakuza de Tokyo, refuse de se soumettre au clan adverse qui a fait tuer son chef. Sa tête étant mise à prix, il quitte le Japon et part rejoindre son demi-frère Ken aux États-Unis.Il arrive alors à Los Angeles, ne parlant pas un seul mot d'anglais, et découvre une société qu'il ne connaît pas. Mais il retrouve rapidement son demi-frère, qui est devenu un petit dealer.Lors d'une altercation entre son demi-frère et le revendeur de celui-ci, Aniki intervient et passe à tabac le revendeur. C'est ainsi que petit à petit, Aniki va former son propre clan en appliquant les méthodes des yakuzas...
Quand la belle Kanako, lycéenne populaire et sans histoire disparaît, sa mère fait appel à son ex mari, flic alcoolique, pour qu’il retrouve leur fille. Mais celui-ci va découvrir que sous les apparences, l’univers de l’adolescente est plus trouble qu’il n’y paraît…
Au cours d'un mariage, un commando armé massacre l'assistance, laissant pour morte la Mariée et l'enfant qu'elle porte. Après 4 ans de coma, la Mariée se lance à la poursuite des assassins, membres du clan de Bill, au sein duquel, sous le pseudonyme de Black Mamba, elle exerça elle-même autrefois ses talents de redoutable tueuse…
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.