Alors que tout l'équipage de Luffy se repose sur la plage, le Vogue Merry est volé ! Ils se lancent à la poursuite du bateau en mer et se font capturer par les frères Burodo mais sont immédiatement attaqués par les frères Card qui enlèvent Nami. Ils comptent l'offrir à leur chef, Bear King, dont la base est sur l'île horloge où serait aussi le Vogue Merry.
Ken, le dernier héritier de l'école de Vega, erre dans le désert à la recherche de sa bien-aimée, Julia, kidnappée par Shin, son ennemi juré. Celui-ci lui a laissé 7 cicatrices sur la poitrine. Tournant le dos à sa destinée de chevalier de Vega, Ken rencontre la petite aveugle Lynn...
Lorsqu'un imitateur de Lupin est arrêté pour vol à l'étalage à Tokyo, des dizaines d'autres imitateurs convergent vers la ville pour blanchir le nom de Lupin III. Le vrai Lupin est également en ville, à la fois pour regarder le spectacle et pour voler un mystérieux objet appelé Ice Cube. Mais l'un de ces imposteurs a également des vues sur le Cube. Est-il assez bon pour battre l'original à son propre jeu ?
Présentant des histoires du manga non adaptées dans l'anime principal.
L'histoire se passe au XXIe siècle, la Terre est en mauvais état sur le plan écologique. L'ONU décide alors de créer un groupe nommé Eternal Earth pour que la nature ne meure pas. C'est ainsi qu'un environnement artificiel nommé Néo Jungle apparaît. Toutes les espèces en voie de disparition sont réunies pour que cet écosystème survive. Léo est voué à régner sur Néo Jungle et il se lie d'amitié avec le fils du directeur, Kenichi.
2015. Quinze ans se sont écoulés depuis le Nouvel An Sanglant qu'Ami a fait subir au monde en suivant le cahier des prédictions de la Bande à Kenji. L'histoire officielle raconte que Kenji et sa bande sont les terroristes à l'origine de cette apocalypse, tandis qu'Ami est vénéré dans le monde entier comme un sauveur. Il prédit la fin de l'humanité et annonce que ne seront sauvés que ceux qui croient en lui. Depuis la disparition de son oncle Kenji, Kanna mène une vie d'adolescente rebelle sous la tutelle de Yukiji qui peine à honorer sa promesse de veiller sur elle. Après des années de recherches, l'un des membres de la bande découvre l'existence d'un " Nouveau Cahier des Prédictions ", qui décrit entre autres cet événement : " En 2015, dans une église de Shinjuku, un sauveur se dressera pour défendre la justice et sera abattu par un assassin. " Qui est ce sauveur ? A nouveau, le jugement dernier s'approche...