Après les incidents impliquant Heath Oslo, l'existence de l'organisation anti-terroriste américano-japonaise, connu sous le nom de CIRS, est maintenant connue du public. Le CIRS a été reconstruit à partir de zéro et ses fonctions les plus dissimulées ont été transférées dans une nouvelle agence : SORD (Social Ops, Research & Development). Le but principal de SORD est d'entraîner une nouvelle génération d'espions pour défendre le pays des menaces futures. Pour parvenir à ses fins, l'organisation a fait construire de nombreuses écoles dans le pays. L'académie Mihama, laissée à l'abandon après sa fermeture soudaine, est devenue une école de formation spécialisée. Ainsi, cette nouvelle académie Mihama abrite différents groupes d'étudiants qui, chaque jour, travaillent durement pour améliorer leurs compétences. Ces étudiants mettent leur propre sécurité en danger en se plongeant dans diverses missions extrajudiciaire, le tout pour le bien du pays.
L'armée du Ruban Rouge avait été détruite par Son Goku, mais des individus ont décidé de la faire renaître. Ils ont ainsi créé les cyborgs ultimes, Gamma 1 et Gamma 2. Autoproclamés les « Super Héros », ils lancent une attaque contre Piccolo et Son Gohan. Quel est le but de cette nouvelle organisation du Ruban Rouge ? Face à ce danger qui se rapproche, il est temps pour les vrais héros de se réveiller !
Après la guerre, les Atlandiens ont recueilli les Valghiens, créant ainsi une alliance entre les deux peuples. L'eau étant toutefois presque épuisée, une mission de taille en mer Blanche est organisée : trouver l'arbre orbital géant.
Les bruits les plus étranges courent sur Minami Yume et sa tendance à attirer des garçons dans ses filets pour mieux leur poser un lapin. Intrigué, Asanaka Yomogi accepte un rendez-vous, mais alors qu'il allait subir la même mésaventure, l'intervention du mystérieux Gauma va changer à jamais le destin de ces deux jeunes gens, désormais voués à sauver leur monde.
Rikka Isurugi est la descendante d'un clan de ninjas dont l'origine se perd dans l'Histoire. Entrainée par son grand-père depuis le plus jeune âge, elle souhaite néanmoins suivre les traces de son père, un brillant scientifique. Le jour de ses seize ans, alors qu'elle rentre chez elle, Rikka découvre que ses proches ont été attaqués par une société très en vue, à laquelle appartenait autrefois son père : Gradsheim. Les ordres du commando sont simples : éliminer les membres de la famille et voler le fruit des recherches de son père. Miraculeusement, Rikka s'échappe grâce aux drones programmés par son père. Elle prend alors l'identité de Black Fox afin de traquer les responsables du massacre.