Lorsque Homer pollue gravement le lac de Springfield, une agence de protection de l’environnement décide de mettre la ville en quarantaine en l’isolant sous un énorme dôme.
Dans un monde où la nature est hostile à l’Homme, Nausicaä – princesse de la Vallée du Vent – se bat pour protéger son village. Mais la guerre des hommes frappe à leur porte. Les vestiges d’une humanité industrielle menacent l’équilibre entre les rescapés humains du grand cataclysme et les insectes, protecteurs de la forêt toxique.
Industriel ambitieux, Guillaume Daubray‐Lacaze agrandit son usine de matériel de dépollution, détruisant du même coup le jardin de sa femme Bernadette, férue d’horticulture. Décidée à se venger de son mari, elle quitte le domicile conjugal, en se présentant contre lui aux élections municipales.
Tante Hilda, amoureuse de la nature, conserve dans son musée végétal des milliers de plantes du monde entier. Beaucoup sont en voie de disparition. Parallèlement, une nouvelle céréale, Attilem, mise au point par des industriels, se cultive avec si peu d’eau, sans engrais, et produit des rendements si prodigieux, qu’elle apparaît comme la solution miracle pour enrayer la faim dans le monde et prendre le relais du pétrole dont les réserves s’épuisent. Mais la catastrophe n’est pas loin…
Un œuf géant est mis à jour sur l'île de Infant Island. Les personnes envoyées sur place font la connaissance des deux Cosmos, femmes lilliputiennes télépathes. Ces dernières expliquent que l'œuf est celui de Mothra, le défenseur de Gaia. Mais pendant son transfert maritime vers le Japon, l'œuf est attaqué par Godzilla, et éclot rapidement pour libérer la larve de Mothra. Dans le même temps, une autre larve, celle de Battra, se joint au combat. Mothra réussit à s'échapper, pendant que Godzilla et Battra sont engloutis dans une faille sous-marine.