Un œuf géant est mis à jour sur l'île de Infant Island. Les personnes envoyées sur place font la connaissance des deux Cosmos, femmes lilliputiennes télépathes. Ces dernières expliquent que l'œuf est celui de Mothra, le défenseur de Gaia. Mais pendant son transfert maritime vers le Japon, l'œuf est attaqué par Godzilla, et éclot rapidement pour libérer la larve de Mothra. Dans le même temps, une autre larve, celle de Battra, se joint au combat. Mothra réussit à s'échapper, pendant que Godzilla et Battra sont engloutis dans une faille sous-marine.
Un jeune facteur apprend qu'il ne lui reste plus beaucoup de temps à vivre en raison d'une maladie en phase terminale. Un démon lui apparaît qui lui offre d'allonger sa vie s'il choisit quelqu'un dans le monde qui disparaîtra à sa place. L'homme pense à ses relations avec ses ex-amis, ex-petites amies, connaissances et collègues qui seront sincèrement tristes quand il mourra.
Dans la ville minière de Kitamatsu, les ouvriers craignent pour leurs vies. Le puits est devenu trop profond, causant inondation et éboulements dans les boyaux d'extraction. Deux mineurs disparaissent alors dans les sous-sols, puis les policiers partis à leur secours sont retrouvés mutilés. La nuit, Shigeru et Kyo, deux proches de l'un des disparus, sont attaqués par un monstre provenant de la mine...
Au Japon, à la fin des années 1920, Masayuki Suzuki est un prisonnier qui s'échappe systématiquement de la prison dans laquelle il est incarcéré pour être sciemment repris et mis à nouveau en prison. Un de ses geôliers est très intrigué par ces évasions-incarcérations répétées et décide de percer le mystère entourant cet homme…
Une mère privée de sa famille, humiliée, violée puis emprisonnée donne naissance à une fille durant sa captivité, Yuki. Cette dernière sera élevée pour devenir un instrument de vengeance redoutable.
À la fin du XXe siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
Ryota vole un un bateau pour partir à la recherche de son frère disparu. Pendant le voyage en mer, le navire est attaqué par une terrible créature géante, Ebirah. Ayant accosté sur l'île de Letchi, il découvre que Mothra, un autre monstre, pourrait être capable de l'arrêter. En réalité, Mothra a besoin de renfort et Ryota va alors tout faire pour réveiller Godzilla...
Un navire est attaqué par une pieuvre géante, puis sauvé par un monstre vert et gigantesque, qui pourtant, ne tardera pas à dévorer les survivants, avant de fondre sur Tokyo. Le Docteur Stewart, un Américain, reconnaît là une espèce de monstre dont il sait qu'un autre spécimen est aussi en vie.
Durant la Seconde Guerre mondiale, le cœur de la créature de Frankenstein débarque au Japon. Il est amené dans un laboratoire d'Hiroshima où des scientifiques procèdent à sa transplantation dans un cadavre. Mais, alors que l'opération vient de s'achever, la bombe atomique s'abat sur la ville. Des années plus tard, le monstre est recueilli par un scientifique américain et son assistante japonaise. Sous l'effet des radiations, il commence à grandir jusqu'à atteindre la taille d'une maison. Aucune cage ne pouvant plus désormais le retenir, le monstre s'évade et se réfugie dans la forêt. En même temps, Baragon, un dinosaure mutant, sort de sa cachette souterraine et se livre à des raids destructeurs...
Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.
Murakawa, le bras droit du chef yakuza Kitakima est appelé d'urgence afin venir en aide au clan Anan en guerre contre un clan rival. Murakawa qui était sur le point de prendre sa retraite perd plusieurs hommes après un attentat à la bombe et une fusillade. Pour se protéger, il se réfugie sur Okinawa avec quelques hommes dans une maison au bord de la mer, le temps que les choses se calment. Dans les premiers temps, ils s'ennuient et tentent de se divertir par plusieurs moyens, mais rapidement sous l'impulsion de leur chef, ces anciens yakuzas vont apprendre à s'occuper et à vivre simplement. Murakawa quant à lui, homme fatigué et désabusé, va réapprendre à profiter du moment présent grâce à cette pause improvisée. Il ignore pourtant que pendant ce temps là, son chef est en train d’opérer un rapprochement stratégique avec le groupe rival, alors lorsqu'il découvre la vérité il décide de se venger et abat tous ceux qui l'ont trahi.
Dans le Japon féodal, l'Immortel Connor McLeod est à la recherche d'un maître afin d'apprendre l'art de la magie. Il est poursuivi par Kane, un homme lui aussi immortel mais aux desseins maléfiques. Ce dernier trouve d'ailleurs le sage en premier et le tue. Malheureusement pour lui, le quickening provoque un effondrement et il se retrouve piégé sous terre. Il est libéré après quatre siècles et, plus en colère que jamais, il repart à la recherche de Connor...