À peine revenus sur la Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers humains réunis par Rayden, le dieu du tonnerre et des éclairs, déchantent : le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent. À leur tête, l'empereur d'Outremonde, Shao-Kahn lui-même.
À l'Académie Ninjutsu, Doi enseigne aux jeunes ninjas "Nintama". Un jour, il part se confronter à un ninja du clan rival, mais disparaît sans laisser de traces. Les Nintamas s'inquiètent pour lui. Au même moment, l'Académie reçoit des nouvelles inquiétantes comme quoi leurs rivaux au Château Dokutake trameraient quelque chose.
Quatre femmes, au début rivales dans une compétition d'arts martiaux, finissent par s'allier pour lutter contre un homme qui veut contrôler le monde : Tina est superstar dans le milieu de la lutte féminine, Christie est voleuse et tueuse à gages, Princesse Kasumi est une aristocrate asiatique éduquée par des maîtres en arts martiaux, et Helena est une athlète en sports extrêmes dont le passé tragique est lié au lieu dans lequel se déroule le tournoi Dead or Alive...
En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs Shinobis du pays. Malheureusement, ils sont aussi ennemis depuis plusieurs siècles. Malgré tout, l'amour naît parmi la haine des combattants de ces villages. Oboro, du clan Iga, et Gennosuke, du clan Koga, se sont rencontrés, et aimeraient ne plus se séparer. Mais pour cela il leur faut trouver le moyen d'unifier leurs clans. C'est sans compter sur l'espoir du premier Shogun : afin de pacifier la région il organise un combat à mort entre les cinq meilleurs Shinobis des deux clans. Oboro et Gennosuke en sont les chefs. Les deux amoureux devront choisir.
Une bande de ninjas est chargée d'infiltrer le Château de Fer pour y kidnapper la châtelaine, sans la blesser.