Batman aborde une phase décisive de sa guerre contre le crime à Gotham City. Avec l'aide du lieutenant de police Jim Gordon et du nouveau procureur Harvey Dent, il entreprend de démanteler les dernières organisations criminelles qui infestent les rues de la ville. L'association s'avère efficace, mais le trio se heurte bientôt à un nouveau génie du crime qui répand la terreur et le chaos dans Gotham : le Joker. On ne sait pas d'où il vient ni qui il est. Ce criminel possède une intelligence redoutable doublé d'un humour sordide et n'hésite pas à s'attaquer à la pègre locale dans le seul but de semer le chaos.
Le lieutenant Mike Harrigan est un flic de Los Angeles. Lorsqu'une fusillade éclate entre des trafiquants de drogue mettant ainsi les rues de la ville à feu et à sang, Mike et son équipe se préparent à intervenir... Mais soudain, les gangsters sont liquidés un par un d'une horrible manière par une créature invisible. Commence alors pour Mike une enquête sanglante qui va le conforter à un monstre extraterrestre qui a pris la ville de Los Angeles pour terrain de chasse !
Carl Denham, un cinéaste en quête de notoriété, prépare un tournage dans les mers du Sud. Il embarque avec toute son équipe à bord du «Venture». Bien que les acteurs soient persuadés de tourner un film d'amour et d'aventures, le réalisateur espère secrètement que le voyage les conduira à Skull Island (l'île du Crâne), une terre inexplorée où, dit-on, les indigènes adorent une créature mystérieuse et terrifiante. Les foules, pense-t-il, se presseront pour découvrir les images qu'il rapportera de son voyage. Ann Darrow, artiste de music-hall au chômage, a été embauchée au dernier moment pour pallier la défection de l'actrice principale.
Une bande de ninjas est chargée d'infiltrer le Château de Fer pour y kidnapper la châtelaine, sans la blesser.
Une tempête effroyable se déchaîne sur le Pacifique, engloutissant un pétrolier tandis qu'un immense éclair illumine le ciel au-dessus de la Polynésie française. Des empreintes géantes creusent un inquiétant sillon à travers des milliers de kilomètres de forêts et de plages au Panama. Les navires chavirent au large des côtes américaines et ces horribles phénomènes s'approchent de plus en plus près de New York. Le chercheur Nick Tatopoulos est arraché à ses recherches afin d'aider les États-Unis à traquer le monstre qui est à l'origine de ces désastres mystérieux.
Orphelin, Peter Parker est élevé par sa tante May et son oncle Ben dans le quartier Queens de New York. Tout en poursuivant ses études de biophysique à l'université, il trouve un emploi de photographe au journal Daily Bugle. Cependant, après avoir été mordu par une araignée radioactive, ce dernier est sujet à des transformations physiques : son agilité et sa force se sont accrues, et il se voit doter de pouvoirs surnaturels. Peter décide alors de participer à un combat de catch qu'il remporte avec une facilité déconcertante. Mais l'organisateur du spectacle, décrétant qu'il y a eu tricherie, refuse de lui remettre le prix de 3 000 dollars qui lui revient de droit. Au même moment, l'homme d'affaires mégalomane Norman Osborn expérimente sur lui-même de dangereuses solutions chimiques. Des mutations s'opèrent bientôt sur son corps et son esprit. Il se transforme alors en Bouffon Vert.
2 ans après avoir choisi sa vie de super-héros, Peter Parker ne parvient plus à gérer sa double vie. Il perd son boulot, Mary-Jane sait qu'elle ne peut plus compter sur lui, et ses études prennent le même chemin. Il décide de raccrocher le costume de Spiderman. Son ami Harry lui présente un ami de son professeur de science, le bienveillant docteur Otto Octavius sur lequel il doit rédiger un mémoire. Celui-ci travaille sur la fusion qu'il croit pouvoir contrôler. Mais une démonstration de ses recherches tourne mal, et le docteur se voit doter de 4 membres mécaniques supplémentaires greffés sur sa colonne vertébrale et qui prennent le contrôle de son esprit…
Peter Parker a retrouvé un équilibre de vie et souhaite épouser Mary Jane. Lors d'une nuit au parc, alors que Peter et Mary Jane sont ensemble, une petite météorite tombe près du lieu où ils se trouvent. Celle-ci laisse échapper une matière visqueuse qui s'attache discrètement à la mobylette de Peter. Pendant ce temps, Flint Marko s'échappe de prison. Lors de sa fuite, il tombe dans un accélérateur de particules qui fond son corps avec le sable. Le meilleur ami de Peter, Harry Osborn, veut venger la mort de son père, croyant que Spider-Man est responsable de son décès, il l'attaque.
John Constantine, extralucide anticonformiste, qui a littéralement fait un aller-retour aux enfers, doit aider Katelin Dodson, une policière incrédule, à lever le voile sur le suicide mystérieux de sa sœur jumelle. Cette enquête leur fera découvrir l'univers d'anges et de démons qui hantent les sous-sols de Los Angeles d'aujourd'hui.
Une immense soucoupe volante envahit le ciel terrestre, libérant un nombre infini de plus petites soucoupes qui prennent position au-dessus des plus grandes villes du monde. Un informaticien new-yorkais décrypte les signaux émanant des étranges voyageurs. Ils ne sont pas du tout amicaux et ces extraterrestres se préparent à attaquer la Terre.
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.