Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un monstre formé de crustacés marins mutés par l'oxygen destroyer apparaît et attaque la population.
L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.
Une tempête effroyable se déchaîne sur le Pacifique, engloutissant un pétrolier tandis qu'un immense éclair illumine le ciel au-dessus de la Polynésie française. Des empreintes géantes creusent un inquiétant sillon à travers des milliers de kilomètres de forêts et de plages au Panama. Les navires chavirent au large des côtes américaines et ces horribles phénomènes s'approchent de plus en plus près de New York. Le chercheur Nick Tatopoulos est arraché à ses recherches afin d'aider les États-Unis à traquer le monstre qui est à l'origine de ces désastres mystérieux.
Une mère privée de sa famille, humiliée, violée puis emprisonnée donne naissance à une fille durant sa captivité, Yuki. Cette dernière sera élevée pour devenir un instrument de vengeance redoutable.
Le 5 septembre, à Washington DC, avant de mourir, la femme du journaliste John Klein raconte à son mari avoir vu une silhouette étrange. Le 12 novembre, à Point Pleasant, en Virginie, ce dernier s'aperçoit, après enquête, que plusieurs personnes de cette petite ville ont été témoins de la même apparition… et que toutes sont décédées. « Créature étrange », « regard glaçant », « grandes ailes », ces indications semblent décrire un spectre diabolique que seules les personnes qui vont mourir aperçoivent.
Un soir, seules à la maison, deux lycéennes se font peur en se racontant une mauvaise blague. Une étrange rumeur circule à propos d'une cassette vidéo qui, une fois visionnée, déclenche une terrible malédiction : une mort annoncée sept jours plus tard. Après le décès de sa cousine Tomoko Oishi, Reiko Asakawa, une jeune journaliste, enquête, mais très vite le maléfice la rattrape.
Jaffa, leader d'une des organisations extrémistes les plus dangereuses du monde, est arrête lors du mariage de sa fille. Son adjoint, Nagi Hassan, exige sa libération en échange des passagers d'un 747 qu'il a pris en otages. L'avion transporte également un lot de gaz toxique qu'il menace de répandre au-dessus de Washington. Le lieutenant-colonel Austin Travis propose alors d'aborder le 747 au moyen d'un avion furtif expérimental et d'y introduire un commando d’élite charge de neutraliser le terroriste.
L'agence crypto-zoologique Monarch doit faire face à une vague de monstres titanesques, comme Godzilla, Mothra, Rodan et surtout le redoutable roi Ghidorah à trois têtes. Un combat sans précédent entre ces créatures considérées jusque-là comme chimériques menace d'éclater. Alors qu'elles cherchent toutes à dominer la planète, l'avenir même de l'humanité est en jeu…
Alex et Annie partent en croisiere dans les Caraibes sur un luxueux paquebot. Un policier de bord est intrigue par le comportement nerveux d'un certain Geiger, qui se pretend golfeur. Il est encore loin de s'imaginer que Geiger transporte avec lui tout un arsenal qui va mettre la vie des passagers en danger.
Une série de naufrages inexpliqués défraie la chronique japonaise. Au même moment, à la suite de plusieurs pêches infructueuses, les insulaires de l'île Odo organisent une cérémonie pour apaiser la colère de "Gojira", un dragon marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Mais la nuit venue, quelque chose débarque sur l'île dans une tempête et piétine le village. Le lendemain, le professeur Kyohei Yamane examine le sol et découvre des traces de radioactivité ainsi qu'un trilobite. Un gigantesque monstre reptilien apparaît bientôt aux yeux de tous, avant de s'enfoncer dans la mer.
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Version japonaise.Tako, directeur de la publicité de Pacific Pharmaceuticals, est frustré par les faibles cotes d'écoute de leur programme télévisé sponsorisé. Cherchant une approche plus sensationnaliste, il ordonne à son personnel de se rendre sur l'île de Faro, capturant Kong pour l'utiliser comme un outil de marketing. Alors que Godzilla réémerge, une frénésie médiatique se produit avec Tako qui cherche à capitaliser sur le match de lutte ultime.