Le narrateur, sans identité précise, vit seul, travaille seul, dort seul, mange seul ses plateaux‐repas pour une personne comme beaucoup d’autres personnes seules qui connaissent la misère humaine, morale et sexuelle. C’est pourquoi il va devenir membre du Fight club, un lieu clandestin où il va pouvoir retrouver sa virilité, l’échange et la communication. Ce club est dirigé par Tyler Durden, une sorte d’anarchiste entre gourou et philosophe qui prêche l’amour de son prochain.
Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l'un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d'étranges songes et des messages cryptés provenant d'un certain Morpheus. Celui‐ci l'exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu'est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n'est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l'Élu, le libérateur mythique de l'humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…
Suspect numéro 1 dans une étrange affaire de hold-up, Verbal Kint est soumis à un interrogatoire par des agents fédéraux. Très vite, il dévoile aux policiers que le véritable cerveau de cette affaire n'est autre que le redoutable criminel Keyser Soze, un être machiavélique possédant une intelligence hors du commun. Peu à peu, le suspect va dresser un portrait effrayant de ce criminel que personne n'a jamais vu…
Poussé par sa femme Lynn, Porter, petit gangster teigneux fier d'être à son propre compte, accepte de faire équipe avec Val Resnick, malfrat sans scrupule qui ambitionne d'intégrer l'Organisation. Les deux hommes organisent un hold-up contre la mafia chinoise. L'opération tourne mal, Val s'approprie le magot avec la complicité de Lynn et abat froidement Porter qu'il laisse pour mort. Cinq mois plus tard, Porter refait surface, bien décidé à se venger et à récupérer son du. Il retrouve Resnick, le tue mais se retrouve face à l'Organisation qui veut venger Resnick.
À Los Angeles, un homme mystérieux et solitaire surnommé « le chauffeur » est maître dans l’art de semer la police lors de braquages à hauts risques. Un brillant détective le traque sans relâche et décide de le piéger en montant un faux casse avec une équipe de malfrats. Afin de lui échapper, le chauffeur s’associe avec « la joueuse », une jeune femme séduisante et énigmatique.
Jack Friar, un vétéran de la police, n'a pas pris de vacances depuis quelques années. Au moment où il se décide à quitter la ville, il est appelé par une amie qui lui demande d'enquêter sur la disparition de sa fille. Comment refuser ?
Un mal indicible est venu dans notre dimension et veut régner sur la Terre, et seul un mystérieux sorcier connu sous le nom de docteur Mordrid peut l'arrêter.