La classe de Nuke Em High est de retour, et cette fois ils sont au collège! L'usine nucléaire de Tromaville a été reconstruite et comprend maintenant l'institut de technologie de Tromaville. Situé à l'intérieur de la centrale nucléaire, Tromaville Tech est l'endroit où le Prof. Holt a mis au point des Sub-humanoids ... Des êtres vivants sans émotions, qui ont été génétiquement programmés pour effectuer des tâches secondaires
Henry, citadin phobique des moutons, décide de suivre les conseils de sa thérapeute en retournant à la ferme familiale pour vendre ses parts à son frère aîné, sans se douter des expériences génétiques qui y sont menées sur les moutons. Au même moment, des activistes écologiques, au courant de ces pratiques, libèrent un agneau mutant du laboratoire secret. Le fléau va très vite se répandre et transformer tous les moutons en prédateurs très très méchants.
La prestigieuse Alpine University forme les futurs grands réalisateurs américains. Tous les élèves préparent leur film de fin d’études. Amy, l’une des étudiantes, opte pour un film d’épouvante. Mais la réalité va rattraper la fiction : un mystérieux tueur élimine l’un après l’autre les membres de l’équipe de tournage dans des circonstances de plus ne plus spectaculaires !
Lorsqu'une station d'exploitation spatiale découvre une énorme empreinte d'alien sur une planète distante, la colonie pense avoir trouvé la preuve de l'existence de Dieu. Mais bientôt, plusieurs membres de la colonie sont victimes de symptômes de la depression extrême - le seul remède, c'est de rapprocher de la Marque.Une ferveur religieuse s'empare alors de la population et aboutit à un suicide collectif. La sécurité de la planète décide alors de supprimer la Marque, et demande au vaisseau USG Ishimura de l'emmener pour l'étudier.