Cette série animée est l'adaptation de l'arc « Zero Chronicle: Hajimari no Tsumi » (Zero Chronicle: The First Sin) qui se déroule des centaines d'années avant l'histoire principale de Shironeko Project. Cet arc se centre sur Iris, la reine de la Lumière, et le Prince des Ténèbres.
Hanaukyô Tarô a perdu sa mère et part alors s'installer chez son grand-père qu'il n'a encore jamais vu. Mais notre jeune héros n'est pas au bout de ses surprises lorsqu'il arrive dans le manoir, puisqu'il est "chaleureusement" accueilli par une centaine de soubrettes, toutes plus belles et avenantes les unes que les autres ! Employées par son grand-père, elles sont maintenant au service de Tarô. Rêve ou cauchemar ?
Le héros de l'histoire se nomme Ryoma Echizen, un japonais qui a vécu de nombreuses années aux États-Unis. Son père, Nanjiro Echizen, connu comme étant le « Samurai », est devenu un grand champion de tennis internationalement reconnu. L'histoire commence alors que Ryoma arrive au Japon et décide de s'inscrire au collège Seishun Gakuen, connu également sous le nom de Seigaku, qui possède une équipe de tennis très compétente.
Dans le monde, chaque être humain possède ses propres rêves qui lui permettent d’avancer. Renji est un étudiant qui pense ne plus pouvoir réaliser le sien jusqu’au jour où il croise Chihiro dans une station de gare abandonnée. En raison de sa santé, cette jeune fille est non scolarisée et ne possède pas d’amis. Subissant une perte de mémoire toute les 13h00, elle est obligée de tenir à jour son journal intime et de le relire chaque matin pour savoir ce qu’il s’est passé les jours d’avant. Face à ce problème, Renji tentera d’apporter un peu de bonheur à Chihiro en dépit de la souffrance qu’il devra endurer pour cela. De l’autre coté de la ville, la sœur aînée de Chihiro, Kei, passe ses journées avec son ami d’enfance Hirono pour lequel elle entretient des sentiments plus poussés que ceux de l’amitié. Ce dernier qui, malgré son jeune âge est un mangaka professionnel va rencontrer une mystérieuse jeune fille du nom de Miyako. Aussi libre que lui, les deux étudiants passeront du temps ensemble au grand damne de Kei. « Si nous ne sommes que des pantins pour Dieu qui s’amuse de notre situation, pourront nous réaliser nos rêves ? »
Sakura, jeune fille un peu étourdie, rejoint la capitale impériale (Tokyo) dans le but d'intégrer la flower imperial company afin de respecter les vœux de son défunt père. Cette brigade a pour but de protéger la capitale des démons qui l'attaquent régulièrement et elle est constituée de jeunes filles de différents horizons ayant en commun un grand pouvoir spirituel. Cette compagnie apparaît pour le grand public comme la troupe d'acteurs du théâtre impérial. Après des débuts difficiles avec ses camarades, Sakura découvrira peu à peu sa puissance spirituelle lui venant de son père et apprendra non seulement à jouer la comédie musicale, mais aussi comme ses consœurs à manœuvrer son robot contrôlé par le pouvoir spirituel. Cependant, les commandants et vice-commandants de la troupe semblent porter un lourd passé. En effet, ils ont l'air de connaître aussi bien le père de Sakura que le leader des monstres...
Zhong Xiao Xiao, 27 ans, mène une vie ordinaire et bien remplie. Lors de la réunion de classe, elle voulait donner le jeune enregistrement DV à Xu Yang, son béguin, mais au moment où le DV a été allumé, elle est revenue à l'âge de 17 ans. Le béguin de Zhong Xiao Xiao, Xu Yang, était très froid tyran académique lorsqu'il était étudiant, et il dégageait souvent un tempérament froid qui refusait d'être à des milliers de kilomètres. Ce qui fait que Zhong Xiao Xiao s'effondre encore plus que de revenir à l'âge de 17 ans, c'est que son temps saute souvent soudainement. Après de nombreuses expériences, elle a découvert qu'il s'avère que ce n'est que lorsqu'elle reste dans une certaine plage autour de Xu Yang qu'elle peut avoir un flux temporel normal, elle a donc également découvert le côté inconnu de Xu Yang. Par coïncidence, Xu Yang a emménagé dans la maison de Zhong Xiao Xiao. Au fur et à mesure que les deux se rapprochaient, de nombreuses histoires ironiques se sont produites...
Cinq siècles après sa première domination, le légendaire seigneur démon Veltol fait son retour à Shinjuku, la ville-cyberpunk. L’ère de la fusion a façonné une société radicalement différente où, désormais, l'innovation technologique rencontre la magie. Bien qu’il soit tombé dans l’oubli, le démon est déterminé à prendre le contrôle de ce nouveau monde.
La musique est comme une lumière qui illumine le cœur des gens. Elle a pourtant disparu de notre monde. Tout a commencé lorsqu’une météorite noire est tombée sur Terre. Des monstres nommés D2 ont émergé pour nous anéantir. Comme ces créatures étaient attirées par les mélodies, la musique est devenue taboue. Mais des opposants sont apparus. Les Musicart sont des filles tirant leur pouvoir de la musique et pouvant vaincre les D2. À leur côté, les Chefs d’orchestre les dirigent et les guident.
Akebi Komichi a été admise dans un prestigieux collège pour filles. Elle a deux souhaits pour l'année scolaire : porter l'uniforme de marin de l'école et se lier d'amitié avec ses nouveaux camarades !