Joro est un lycéen tout à fait banal qui est attiré par son ami d'enfance Himawari et Cosmos la présidente du BDE et également la fille la plus populaire du lycée. Une situation sentimentale déjà bien assez complexe, qui ne fait que s'envenimer davantage lorsque les deux jeunes filles lui apprennent qu'elles sont toutes les deux amoureuses de son ami ! Cependent, l'histoire se complique lorsqu'une certaine fille à lunettes nommée Sanshouin dit être attirée par Joro…
Dans le lycée William McKinley, deux clans d'adolescents : Les Freaks, rebelles qui ne travaillent pas, fument, et sèchent les cours, et les Geeks, les matheux du premier rang, sans aucune vie sociale.
Catherine Chandler, jeune avocate de la haute société New Yorkaise, est agressée et laissée pour morte dans Central Park. Elle est sauvée par Vincent, une créature mi-homme mi-bête, qui l'emmène dans son monde souterrain, afin de la soigner. Dans ce monde, câché du reste des humains, vit une communauté d'exclus. Guérie, Catherine retourne dans son monde en promettant de garder le secret. Elle devient assistante du procureur de Manhattan, et chaque fois que ses enquêtes la mettent en danger, Vincent, uni à elle par un mystérieux lien mental, vient à son aide.
Sur les traces du meurtrier de son père, Ryûko Matoi, 17 ans, arrive dans une ville dominée par l’académie Honnôji, un institut d’élite placé sous le joug de Satsuki Kiryûin, présidente du conseil des élèves. La jeune fille découvre un système méritocratique, où les uniformes Goku, dotés de pouvoirs surnaturels, assurent à leurs porteurs une domination absolue. Transférée dans cet établissement et armée du « Scissor Blade » et vêtue de Senketsu, son uniforme aux pouvoirs sanguinaires, Ryûko s’érige en tant qu’unique opposante à ce régime tyrannique. Perçue désormais comme une menace par la direction, elle décide de défier Satsuki, dans l’espoir de faire la lumière sur les événements passés.