Lorsqu'un objet mystérieux s'écrase sur Terre en plein désert, la déflagration libère une vague d'énergie solaire qui arrête un à un les coeurs de personnes apparemment déconnectées les unes des autres. Quelques minutes plus tard, elles se réveillent toutes, changées, et découvrent qu'elles ont désormais pour mission d'empêcher la future et inéluctable Apocalypse. Elles sont les messagers...
L'histoire tourne autour de Kusanagi Yui, qui reçoit l'ordre de Zeus, dieu et proviseur de l'école qu'il a créée, d'apprendre le sens de l'amour à de jeunes et jolis dieux. La raison pour laquelle elle doit faire cela est pour annuler les effets négatifs de l'affaiblissement des liens entre le monde divin et celui des humains.
Dans un futur proche où les humains ont été vaincus par des parasites viraux nommés Gastrea, les derniers survivants se sont exilés sur un petit territoire où ils vivent dans le désespoir le plus complet et la terreur. Dans ce monde prisonnier des ténèbres, Rentaro, un garçon vivant à proximité de Tokyo est membre de la « sécurité civile » une organisation spécialisée dans le combat contre les Gastrea, est habitué à accomplir des tâches dangereuses. Sa partenaire est Enju, une jeune fille précoce. Ils combattent grâce à leurs pouvoirs bien particuliers jusqu'à ce qu'un jour, ils reçoivent une mission spéciale du gouvernement. Cette mission top secrète est de prévenir la destruction de Tokyo…
Heroes Reborn débute 5 ans après la fin de la saison 4 de Heroes, à Odessa au Texas, juste après une attaque terroriste dévastatrice. Le rêve de paix est rompu et les « Heroes », ces humains évolués possédant d'extraordinaires capacités, sont accusés d'avoir déclenché cet événement tragique. Ils sont alors forcés de sa cacher ou de fuir aux côtés des plus malintentionnés.
Mikoto utilise son pouvoir de contrôle sur l'électricité pour aider à maintenir l'ordre dans la Cité Académique, qu'habitent surtout des étudiants psychiquement doués.
La Cité académique rassemble des étudiants dotés de pouvoirs extrasensoriels. Parmi eux, Tôma a du mal à trouver sa place car il dispose d'un don lui permettant… d’annuler celui des autres ! De plus, ce don lui cause une poisse inépuisable. Un jour, il croise la route d'Index, une jeune nonne ayant mémorisé 103 000 grimoires interdits. Pourchassée à cause de ses connaissances, elle est sauvée par Tôma qui n'imaginait pas se retrouver impliqué dans un immense complot…
Originaire d’Afrique, les parents de Mari McCabe ont été tués par la cupidité locale, la corruption et la violence gratuite. Mais l’orpheline Mari a refusé de succomber aux terreurs qui l’entourent. Après avoir hérité de sa famille du totam Tantu, Mari accède aux pouvoirs des animaux – de la super-force d’un gorille à la vitesse d’un guépard. En tant que Vixen, elle se bat vaillamment pour protéger le monde de menaces comme celles qui ont emporté sa famille.
Alors qu'il était présumé mort, Danny Rand refait surface 15 ans plus tard. Avec le pouvoir de son poing d'acier, il va renouer avec le passé et accomplir sa destinée.
Babel est un organisme de formation international qui protège les jeunes gens revenant d'un autre monde. Akatsuki Ōsawa est un jeune homme capricieux qui revient du monde fantastique de magie et d'épée Alleyzard après y avoir battu le rois des démons. A la demande de celui ci, Akatsuki a ramené sa fille, une jolie jeune fille du nom de Myuu. Ils intègrent alors l'organisme Babel mais vont être confrontés à d'autres membres de l'organisation possédant des pouvoirs psychiques.
Un jour, un mystérieux virus décime chaque humain de plus de 13 ans. Au même moment, les vampires ont émergés et asservis les enfants, seuls survivants de l’épidémie. L’histoire nous entraîne au côté de Yûichirô Hyakuya, un esclave chargé de donner son sang à des aristocrates. Ayant perdu son frère lors de son évasion, Yûichirô se promet de tuer tous les vampires, et pour cela, il rejoint la résistance pour délivrer les esclaves.
Au dessous de la capital de Tokyo, existe un vaste monde appelé The Underground. Ses habitants sont connus sous le nom d'Elemental Users car ils possédent la faculté de contrôler les éléments basiques qui constituent notre monde. Quand la prêtresse de Vie (Miko of Live) Ruri Sarasa et son garde du corps "Gravity User" Chelsea Rorec s'échappent vers la surface de la capital pour trouver refuge chez le sabreur Rumina Asagi et son ami Ginnosuke Isuzu, la vie des deux garçons ne sera plus jamais la même lorsuqe Rumina est tué durant une joute et puis ressussité par Ruri.