Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l'organisation Akatsuki à son encontre...
La déesse Rista invoque un jour un nouveau héros pour l'aider à affronter le mode "difficile" de son monde, semblable à un jeu vidéo. Le héros en question, Seiya, excelle dans tous les domaines, mais il a un défaut : il est beaucoup trop prudent ! Ritsa va ainsi devoir faire avec un compagnon qui, par exemple, achète trois armures (une à porter, une de rechange et une de rechange pour celle de rechange)… ou encore qui met toute sa puissance et ses meilleures attaques pour tuer de bêtes petits slimes !
Un jour, alors qu'il survole le Pôle Nord, un avion de l'armée de l'air japonaise est attaqué par l'empire des Machines Black Magma gouverné par le machiavélique Führer Hell Saturn. Ce dernier apparait alors magiquement au siège de l'ONU et fait savoir aux représentants des différents pays que son empire à l'intention de régner sur la Terre entière. Après sa disparition, les représentants des différents pays votent à l'unanimité le droit au Japon d'assurer la défense du monde contre cette menace. L'escadron solaire Sun Vulcan est alors créé...
Les plus grands super-héros du monde, menés par Superman, Batman, Green Lantern, Wonder Woman, Martian Manhunter, Flash, Aquaman, et Hawkgirl collaborent avec le soutien de leurs amis pour lutter plus efficacement contre la criminalité grandissante et les nouvelles menaces d'invasions extra-terrestres. Gardiens de la justice, ils sont le dernier rempart pour déjouer les conspirations les plus machiavéliques.
Sur une île magique, l'impulsive Bee et son compagnon à fourrure vivent toutes sortes d'aventures tout en travaillant pour une agence d'intérim intergalactique.
Bastien, un jeune garçon de 10 ans, se cache dans une librairie et il entame la lecture d'un livre intitulé L'Histoire sans fin. Au fil de sa lecture, il finit par plonger littéralement dans l'univers du livre, le Pays Fantastique, où il vit différentes aventures.