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Au milieu du siècle dernier, le Japon s'apprête à entrer dans l'ère Meiji, passant sans transition du Moyen Age à l'industrialisation. Les samouraïs n'ont plus leur place dans cette société moderne où les guerriers sont moins utiles que les commerçants. Sans emploi, n'ayant plus le droit de porter le sabre, confrontés aux fusils et aux canons, les samouraïs vont peu à peu disparaître pour entrer dans la légende. Kenshin est l'un de ces guerriers perdus. Grand maître de sabre il est devenu un vagabond errant sur les routes du Japon. Mais son esprit chevaleresque et son courage vont faire de cet ancien mercenaire un justicier aimé et respecté.

Musashi Miyamoto a quitté son village pour se battre dans la bataille de Sekigahara avec son ami Matahachi. Mais il le perd à l'issue de la bataille. Il retourne au village pour informer la famille du décés de Matahachi. Musashi Miyamoto s'use alors physiquement et mentalement. A ce moment, Soho Takuan apparaît devant Musashi Miyamoto . Il reconstruit ensuite sa vie avec son épée. Il commence à voyager pour l'entraînement et rencontre de nombreux maîtres de l'épée.

Kyoto, 1863. Le vent de la révolte attise les flammes d’un Japon en proie aux inégalités, dominé par la suprématie des natifs qui rejettent farouchement les étrangers. Nio, un jeune orphelin aux yeux bleus perçants et animé par un sens aigu de la justice, aspire à transformer en profondeur cette société. Sa rencontre avec Toshizô Hijikata et Sôji Okita, deux rônins appartenant au Shinsen Gumi et au groupe « Miburo », va raviver en lui les braises incandescentes de la rébellion, prêtes à embraser la nation tout entière.