Le légendaire forgeron Kiki Shikizaki confectionna mille katana durant son existence, mais seulement douze de ceux-ci ont un réel pouvoir. C'est là que nous retrouvons Togame, stratège de l'actuel shogun. Elle reçut pour mission de retrouver ces douze fameux katana et engagea donc des guerriers ainsi que des ninjas. Mais ceux-ci, aveuglés par la puissance des katana, les gardèrent en leurs mains. C'est alors qu'elle décide de s'allier au maître du style de combat sans épée, le Kyotôryû. Mais elle apprend sa mort de la bouche de son fils et seul héritier du style, Shichika Yasuri…
À cause du travail de ses parents, Yu Narukami emménage chez son oncle, dans la ville rurale d'Inaba. Sur place, Yu se fait à sa nouvelle vie et sympathise avec Yosuke Hanamura et Chie Satonaka. Mais le jour même de sa rentrée, en seconde année de lycée, un mystérieux évènement frappe Inaba : le corps d'une journaliste est découvert, suspendu à une antenne. Peu après, Yu découvre l'existence de la Mayonaka TV, un phénomène qui consisterait à voir apparaître le visage de son âme-sœur en fixant son écran de télévision, à minuit, un soir de pluie. Yu s'essaie au phénomène et voit apparaître le visage d'une lycéenne. Le lendemain, un nouvel évènement frappe Inaba, et Yu se rend compte que les personnes apparaissant dans la Mayonaka TV meurent peu de temps après leur apparition. Et s'il y avait un lien entre cette série de meurtre et le monde parallèle qui se trouve derrière les écrans de télé ?
Yoshimoto Koya devient tuteur d'un élève en difficulté, Numata Shigeyuki, sur le point d'abandonner ses études secondaires. Dans l'attente de résultats immédiats, le père de Shigeyuki conclut un accord avec Koya stipulant que s'il pouvait faire retourner Shigeyuki à l'école d'ici une semaine, il recevrairt une prime de 100 000 yen. Koya accepte l'offre, répondant qu'il n'aurait besoin que de 5 jours pour mener à bien la mission, mais exige que personne n'interfère avec sa méthodologie pour le faire.
Un cadavre est découvert dans un sous-sol d'un bâtiment abandonné, figé dans du béton. Pourquoi la personne a-t-elle été assassinée de cette façon ? Le lendemain, l'équipe d'enquête reçoit un appel téléphonique du criminel qui se fait appeler Tremi lors du debriefing. Peu de temps après son transfert à la première division, Kisaragi Toko devient la négociatrice choisie par le tueur. Tremi se moque et provoque la police tout en donnant des indices sur le meurtre. Un deuxième meurtre se produit bientôt. La tête de la victime a été recouverte de béton comme ils s'y attendaient. Quel est le mobile du criminel et pourquoi le criminel est-il obsédé par le béton ?
Le vol du Saint Graal dans la ville de Fuyuki ouvre la voie à un monde parallèle où se déroule une guerre dévastatrice d'une ampleur sans précédent.