En 2010, Trois adolescents, Rad, Carlos et Alexis, réactivent involontairement les Mini-cons (Mini-cans en vf) des Transformers capables de se combiner ou d’augmenter la puissance des Autobots et des Decepticons (Decepticans en vf). Leur réveil lance un signal qui réactive les deux autres factions de robots. Ils s’allient aux Autobots d’Optimus Prime afin de stopper les Decepticons. Mais une menace plus grande est sur le point de surgir.
Sur Eternia, une planète médiévale et futuriste où se côtoient magiciens et vaisseaux spatiaux, se trouve le Château des ombres, une forteresse mystérieuse renfermant d'immenses pouvoirs, qui fait la convoitise de nombreux ennemis. Parmi ceux-ci, le diabolique sorcier Skeletor s'est juré de renverser le Roi Randor et de contrôler l'univers. La Sorcière qui garde le Château des ombres a donc secrètement désigné le Prince Adam pour l'aider à combattre ces menaces. Lorsqu'il lève son glaive magique en récitant la formule "Par le pouvoir du Crâne ancestral, je détiens la Force toute puissante", Adam se transforme en Musclor, l'homme le plus fort de l'univers. Quant à Gringer, son animal domestique, il devient le Tigre de combat. Avec Orko, le Maître d'armes (qui partagent son secret), Tila et ses autres alliés, Musclor s'efforce de faire régner la justice sur la planète.
Échappé de la planète Cybertron, le Darkside, vaisseau de six Prédators, se heurte à l'Alaxon, un vaisseau d'exploration Maximal. Les deux engins sont endommagés et s'écrasent sur une planète peuplée d'animaux sauvages (révélé plus tard être la Terre à la préhistoire, où ils ont atterri suite à un voyage temporel). Ils découvrent alors que la planète, trop riche en Energon, est invivable pour des créatures robotiques comme eux. Afin d'y remédier, ils utilisent des scanners pour trouver des formes de vie animales locales, et se donner la capacité d'en prendre l'apparence pour circuler librement sur la planète. Alors qu'Optimus primal et ses Maximals cherchent un moyen de rentrer chez eux, les Prédators, dirigés par Mégatron, ont volé un disque d'or Maximal qui, combiné à une grosse ressource d'énergon, peut leur permettre de conquérir la galaxie. Une guerre acharnée commence alors pour le retour sur Cybertron...
Nous sommes en 2020. Les humains ne peuvent désormais plus se passer du réseau dans leur vie quotidienne. Mais ils ignorent que, de l'autre côté, existe le Monde Digital, un royaume entre ombre et lumière. Ils ne connaissent pas non plus l'existence des Digimon qui y vivent. Tout à coup, le réseau connaît plusieurs dysfonctionnements. Le jeune Taichi Yagami est resté chez lui pendant que sa mère et sa petite sœur sont parties pour le quartier de Shibuya. Mais leur train ne s'arrête plus et tandis que Taichi part vers la gare pour essayer de les sauver, un phénomène étrange le transporte dans le Monde Digital. Il fait alors la connaissance de son nouveau partenaire, Agumon…