Dans un lycée regorgeant de personnalités pour le moins originales, Tadano aide sa camarade Komi, timide et peu sociable, à atteindre son objectif : se faire 100 amis.
Takara fait partie des élèves populaires et Amagi est un garçon au cœur pur apprécié de ses camarades. Quand ils réalisent que leurs sentiments ne sont pas à sens unique, ils décident de se voir en secret… ce qui n’est pas toujours simple !
L'histoire débute en 2014 aux côtés de Natsume Akira, un adolescent ordinaire qui semble avoir du mal avec les réseaux sociaux et les nouvelles technologies. Un jour, il décide de changer pour avoir une petite amie, comme son grand frère. Cependant, il décède subitement dans un accident, percuté par un camion. Son cerveau a été la seule chose qu'ils ont pu récupérer et sauver après son accident. Seize années plus tard, la policière Minami Uezono et sa coéquipière androïde Alma récupèrent et activent une IA hautement perfectionnée ainsi qu'une super-arme nommée EX-ARM. Il s'avère que cette fameuse IA est en réalité le cerveau d'Akira ! Ainsi, lorsqu'il transfère sa conscience dans un androïde, ce système lui permet d'utiliser des pouvoirs surnaturels. Akira va dont être forcé de coopérer, malgré lui, avec la la division spéciale de la police gérant la criminalité des androïdes pour pouvoir retrouver ses souvenirs ainsi que son corps.
Situé dans le quartier de Shinjuku, le propriétaire d'un Izakaya, connu par ses clients sous le nom de "Master", ouvre son restaurant de minuit à sept heure du matin. Son menu est limité à du tonjiru (soupe miso au porc), de la bière, du saké et du shochu. Cependant, il est prêt à cuisiner tout ce que ses clients lui demandent à condition qu'il ait les ingrédients à sa disposition. Chaque épisode se concentre sur un client, sa relation avec un plat et un conflit personnel à résoudre, certains plus lourds que d'autres. La clientèle du petit restaurant est représentative de la variété du très dense quartier de Shinjuku. D'anciens acteurs, des hommes d'affaire, des danseurs exotiques, des directeurs de films ainsi que des drag-queens viennent se retrouver dans cette oasis de chaleur et de calme qui contraste avec l'ambiance des rues de Shinjuku.
Houkigi Shio semble être une femme d'affaires heureuse et prospère, qui possède un salon d'aromathérapie. Personne ne sait qu'elle souffre d'insomnie - tout cela à cause de son ex-mari, qui l'a trompée. Comme Shio n'est pas la seule à avoir du mal à dormir la nuit, elle a l'idée d'introduire le service "Striped Sheep". Les femmes, souffrant d'insomnie, peuvent engager un jeune et beau garçon, qui les aidera à dormir.
Chu Qi est un extraterrestre arrivé sur Terre il y a 3000 ans par erreur. Il tomba amoureux d'une humaine mais leurs chemins se séparèrent tragiquement. Depuis Li Muzi et Chu Qi ne cessent de se croiser à travers leurs diverses réincarnations, sans jamais pouvoir vivre leur relation amoureuse.