Hôtesse de l'air, Cassandra se réveille un matin avec la gueule de bois dans une chambre d'hôtel à Bangkok, un corps mort à côté du sien. De peur d'être accusée de meurtre, elle n'appelle pas la police et tente de continuer sa vie comme si de rien n'était. Mais à peine de retour à New York, le FBI vient à sa rencontre pour l'interroger. Incapable de se souvenir de ce qui s'est vraiment passé, elle commence à se demander si elle n'a pas tué cet homme...
En 1996, Rachel, surnommée Rae, une adolescente en surpoids et manquant de confiance en elle, sort de l'hôpital psychiatrique où elle a passé quatre mois. Sa mère lui confie bientôt qu'elle héberge son petit ami, un Tunisien en situation irrégulière. Peu après, Rae retrouve ses amis, non sans appréhension à cause de sa fragilité psychologique.
Sur les traces du meurtrier de son père, Ryûko Matoi, 17 ans, arrive dans une ville dominée par l’académie Honnôji, un institut d’élite placé sous le joug de Satsuki Kiryûin, présidente du conseil des élèves. La jeune fille découvre un système méritocratique, où les uniformes Goku, dotés de pouvoirs surnaturels, assurent à leurs porteurs une domination absolue. Transférée dans cet établissement et armée du « Scissor Blade » et vêtue de Senketsu, son uniforme aux pouvoirs sanguinaires, Ryûko s’érige en tant qu’unique opposante à ce régime tyrannique. Perçue désormais comme une menace par la direction, elle décide de défier Satsuki, dans l’espoir de faire la lumière sur les événements passés.
Dans le Lancashire, en Angleterre, une bande d'amis déjantés tente de trouver de l'argent facile et se retrouve toujours dans des situations périlleuses.