Jeune lycéenne renfermée et taciturne, Lain Iwakura est confrontée au suicide inexpliqué de Chisa Yomoda, une camarade de classe. Peu de temps après, voilà que Lain reçoit un e-mail provenant de Chisa. Celle-ci lui annonce qu'elle est vivante dans le Wired, que seul son corps est mort et qu'elle a rencontré Dieu. Lain décide alors de se connecter au Wired, le net du futur… Elle va ainsi entendre parler des Knights, une bande de hackers étranges, et pénétrer dans un monde qui va engendrer de multiples questions, au détour d'événements et de rencontres glauques…
Dans un futur post-apocalyptique, une créature difforme s’éveille d’un long sommeil et s’échappe du laboratoire secret de Romdo, une cité-dôme sombre qui abrite humains et AutoReivs (des robots) dans une harmonie apparemment parfaite. Un « paradis » isolé où les résidents sont invités à consommer et à jeter sans modération et où le crime n’existe pas, grâce au contrôle presque absolu des autorités. Étant la petite fille du régent de Romdo, Re-l Mayer n’en semble pas moins hostile à ce système. En tant qu’inspectrice des Renseignements, elle est chargée d’enquêter sur un mystérieux meurtre, perpétré par un AutoReiv infecté par le virus cogito. Elle est également l’agent de probation de Vincent Law, un jeune immigrant engagé au traitement des AutoReivs infectés. Entraînée dans une spirale d’évènements hors du commun, elle va tout faire pour tenter de découvrir la vérité…
Aries Spring, jeune fille enjouée et un peu étourdie, se prépare à un camp spatial organisé au sein du lycée Caird. Elle va faire la rencontre fortuite d'un de ses futurs camarades de groupe, Kanata Hoshijima.
Une femme doit lutter contre la négligence des institutions de l'État et le harcèlement des médias après la disparition de sa sœur.
Un inspecteur général est un poste chargé de vérifier s'il n'y a pas d'injustice dans les devoirs et la vie privée des policiers. Il a le surnom de "policier dans la police" et est un métier détesté par les policiers. Bien que le personnage principal, Ichiroku, soit un inspecteur général, il intervient également dans les enquêtes.
Kumiko et Kenichi filent le parfait amour mais, à cause d'un problème de taille, il n'arrive pas à lui faire l'amour. Cela n'empêche pas Kenichi de vouloir continuer sa relation avec Kumiko et, au bout de quatre ans, il l'a demande en mariage.
Pour exaucer les souhaits de son père et découvrir ses racines, Dai Tian-qing part en périple à travers Taïwan. L'amour et la rédemption l'attendent en chemin...