Les mushi sont des créatures primitives aux pouvoirs sortant de l'ordinaire, à la frontière entre les êtres vivants et les choses inertes. Leur nature même empêche la plupart des humains de les distinguer, mais leur existence n'est souvent pas sans conséquence. Ginko, un homme taciturne et au passé mystérieux, est l'un de ces mushishi, ces experts en mushi ayant le don qui permet de les voir et tâchant de les faire cohabiter avec les humains. Voyageant de village en village, suivez-le dans ses aventures…
Dark et Krad sont deux anges qui se livrent un combat titanesque qui va causer leur disparition. Plusieurs années plus tard, Daisuke, jeune collégien, apprend de son grand père qu'il cohabite avec Dark dans le même corps et qu'il peut donc faire appel à ses pouvoirs, lui qui était un célèbre voleur, afin de récupérer des objets magiques. Seulement voilà, Satoshi Hiwakari, un camarade de classe, le traque, lui qui possède au fond de lui l'âme de Krad, leur ennemi.
Un chasseur de phénomènes paranormaux cherche désespérément une maison maudite où une mère et son enfant ont été les victimes d'un drame il y a bien longtemps.
Dans le département de neurochirurgie du Rigshospitalet de Copenhague, on suit des membres de l'équipe médicale qui découvrent un monde surnaturel.