Dark Blue Kiss poursuit l'histoire de Kiss Me Again et de Kiss The Series. Le couple formé par Pete et Kao est confronté à plusieurs problèmes. Si le père de Pete est désormais au courant de leur relation et les soutient, Kao n'a toujours pas fait son coming-out et redoute que sa mère découvre qu'il est homosexuel... Sans compter que le directeur de l'école où enseigne la mère de Kao a personnellement demandé à Kao de donner des leçons individualisées à son fils, Non. L'attitude ambiguë de Non vis-à-vis de son tuteur attise la jalousie de Pete, qui exige de Kao qu'il cesse de lui donner des leçons. Ces deux tempéraments de feu parviendront-ils à se mettre d'accord ? Sun, le propriétaire du café Blue Sky, se méfie de Mork, le meilleur ami de son frère Rain, le sachant enclin à la violence. Malgré tout, la fougue de Mork l'intrigue. Et lentement, les deux vont commencer à se rapprocher.
Les employés d'une agence de gestion des talents doivent jongler entre fortes personnalités et querelles de bureau tout en veillant au bonheur des célébrités dont ils s'occupent.
Dans un monde où les esprits existent, seules de jeunes filles timides et pures peuvent passer un contrat avec eux et devenir des élémentalistes. A priori, aucun homme n'a cette possibilité ; pourtant, Kamito Kazehaya est bel et bien devenu l'unique élémentaliste masculin. Admis à l'académie spirituelle Areishia, il espère en apprendre un peu plus sur son passé, mais pour cela, il devra participer au grand tournoi Blade Dance où s'affrontent tous les apprentis élémentalistes…
Depuis qu'elle a croisé la route d'Umetarô Nozaki, Chiyo Sakura en est tombé amoureuse. Mais le jour où elle se décide enfin à lui déclarer sa flamme, le jeune homme interprète mal ses paroles et est persuadé qu'elle est une de ses fans. Chiyo va alors découvrir qu'en plus d'être lycéen, Nozaki est aussi un mangaka plutôt populaire et qu'il avait l'intention depuis longtemps de faire d'elle son assistante car il avait remarqué ses talents de coloriste.