Basé sur le jeu Blue Reflection de GUST. L'histoire se déroule au milieu de l'été, dans le lycée pour fille Hoshinomiya. Hinako Shirai vient d'être transférée dans cet établissement après s'être blessée à la cheville, l'empêchant ainsi de poursuivre son rêve de danseuse classique. Un jour, durant l'une de ces ennuyantes journées d'école, Hinako fait la rencontre de Yuzuki et Raimu, deux personnes détenant des pouvoirs magiques. A l'issue de cette rencontre, Hinako acquiert un mystérieux pouvoir : celui de se transformer en magical girl, plus connu sous le nom de "Reflector". Les Reflector sont des valkyries de la lumière pouvant voyager entre le monde réel et le monde alternatif où vivent des êtres se nourrissant des émotions négatives des humains.
Sakura, jeune fille un peu étourdie, rejoint la capitale impériale (Tokyo) dans le but d'intégrer la flower imperial company afin de respecter les vœux de son défunt père. Cette brigade a pour but de protéger la capitale des démons qui l'attaquent régulièrement et elle est constituée de jeunes filles de différents horizons ayant en commun un grand pouvoir spirituel. Cette compagnie apparaît pour le grand public comme la troupe d'acteurs du théâtre impérial. Après des débuts difficiles avec ses camarades, Sakura découvrira peu à peu sa puissance spirituelle lui venant de son père et apprendra non seulement à jouer la comédie musicale, mais aussi comme ses consœurs à manœuvrer son robot contrôlé par le pouvoir spirituel. Cependant, les commandants et vice-commandants de la troupe semblent porter un lourd passé. En effet, ils ont l'air de connaître aussi bien le père de Sakura que le leader des monstres...
Une crise menace Felicidad, un monde souterrain paisible où les monstres sont nourris de graines, récoltés et coexistent avec ses habitants. Comment les enfants vont-ils s'opposer à ce puissant ennemi ? Une rébellion fantastique tissée d'amis et de graines (monstres) commence maintenant. Pour protéger ceux qu'il aime et devenir le plus fort des Farmagia, Ten, avec ses compagnons Farmagia et ses monstres, se soulève contre l'Oración Seis !
Sur une île maudite, rongée par une étrange peste appelée le Mal-Être, un roi fait développer un remède par ses alchimistes afin de sauver son peuple de la maladie… mais le remède transforme les habitants du royaume en monstres ! Il décide alors de créer une armée en utilisant ce fameux remède, mais très vite la situation devient incontrôlable… Une prophétie révèle l’avènement d’un héros immortel à la tête enflammée, qui ramènera la paix en tuant le Roi Démon, responsable de ce chaos. En vérité, trouver le remède au Mal-Être – il s’en tape. Ramener la paix ? Il veut surtout qu’on la lui foute !
Par une nuit de pleine lune, Akira Masaki se retrouve dans un monde magique où coexistent sorciers et humains. Chaque année, ils doivent faire face à une lune colossale qui frappe le monde d'une grande calamité. Akira découvre qu'elle a été choisie pour mener ce combat en rejoignant les Sorciers du Sage, les seuls capables d'enrayer cette catastrophe.