L'histoire nous entraîne dans le quotidien de trois youkai : Bem, une personne ressemblant à un gangster, Bero, un jeune garçon et Bera, une sorcière. Ces trois personnes, espèrent pouvoir devenir humains, malheureusement, ils sont autant rejetés par les humains que les youkai. Pour pouvoir un jour être acceptés, ils vont devoir se battre contre les monstres et autres youkai qui attaquent les humains.
Alors qu'il fuit sa planète natale ravagée par la guerre, un immense robot nommé Biorobot débarque sur Terre avec à son bord l'androïde Peebolo, durant l'ère féodale japonaise. Dès leur arrivée sur l'archipel, ils choisissent cinq jeunes gens que le géant de métal inonde de bio-particules, dans l'espoir d'en faire profiter les générations futures. Cinq cents ans plus tard, Peebolo et le Biorobot se réveillent d'une longue léthargie, alors qu'une crise éclate sur Terre : le nouvel empire Gear, une société composée de monstres mécaniques et d'êtres humains robotisés gouvernée par le malfaisant Docteur Mad, s'est révélée au grand jour...
Ultraman 80, un extraterrestre, arrive sur Terre comme nouveau membre de la "Ultra Space Garrison" et prend la forme civile de Takeshi Yamato. Au même moment, d'horribles monstres commencent à surgir un peu partout sur notre planète et Yamato pense que ceux ci naissent de la méchanceté et de la tristesse des humains, mais aussi bien entendu de la pollution accumulée sur notre planète. Le héros trouve un poste de professeur, enseigne les sciences et va rapidement se lier d'amitié avec ses étudiants. Parallèlement après ses cours, il rejoint l'UGM (un groupe de défense terrienne qui surveille et prévient de l'apparition de nouvelles créatures) dont il se fait remarquer pour ses croyances sur le retour de monstres... Gardant son identité secrète au maximum, Yamato redevient Ultraman pour ainsi combattre les abominations qui mettent en péril l'humanité.
Peter Parker (Spider-Man), Bobby Drake (Iceberg) et Angelica Jones (Firestar) sont trois étudiants à l’Empire State University. Ils combattent dans le premier épisode le Scarabée et, après leur victoire, ils décident de former une équipe nommée les « Spider-Friends ». Ils vivent ensemble chez May la tante de Peter. Ensemble, ils combattent de nombreux super-vilains.
Sur une île maudite, rongée par une étrange peste appelée le Mal-Être, un roi fait développer un remède par ses alchimistes afin de sauver son peuple de la maladie… mais le remède transforme les habitants du royaume en monstres ! Il décide alors de créer une armée en utilisant ce fameux remède, mais très vite la situation devient incontrôlable… Une prophétie révèle l’avènement d’un héros immortel à la tête enflammée, qui ramènera la paix en tuant le Roi Démon, responsable de ce chaos. En vérité, trouver le remède au Mal-Être – il s’en tape. Ramener la paix ? Il veut surtout qu’on la lui foute !