L'histoire commence dans un lycée où Makoto Ito est tombé amoureux d'une fille Kotonoha Katsura. Il la voit tous les jours dans le même train qu'ils prennent pour aller au lycée. Sekai Saionji, une amie qui est dans la même classe que Makoto, lui propose de l'aider, malgré ses sentiments pour lui...
Au milieu du siècle dernier, le Japon s'apprête à entrer dans l'ère Meiji, passant sans transition du Moyen Age à l'industrialisation. Les samouraïs n'ont plus leur place dans cette société moderne où les guerriers sont moins utiles que les commerçants. Sans emploi, n'ayant plus le droit de porter le sabre, confrontés aux fusils et aux canons, les samouraïs vont peu à peu disparaître pour entrer dans la légende. Kenshin est l'un de ces guerriers perdus. Grand maître de sabre il est devenu un vagabond errant sur les routes du Japon. Mais son esprit chevaleresque et son courage vont faire de cet ancien mercenaire un justicier aimé et respecté.
Dans un futur très lointain, les humains ont abandonné la planète Terre pour aller dans le monde supérieur appelé "Tenjo". Mais Tenjo s'effondra suite à une guerre et les humains durent retourner sur la Terre, qui s'est transformée en une terre inhabitable pour l'Homme. Seul le territoire Shinshu est habitable, mais il est trop petit pour que tous les humains y vivent. Ils vont donc dupliquer ce territoire et créer "Juso Sekai" dans un monde parallèle. Dans le but de reconstruire "Tenjo", les humains décidèrent de reproduire leur histoire en commençant en 10 000 avant J. C. Mais en 1413, une guerre fut déclenchée à Shinshu et Juso Sekai tomba dans le monde originel. Les humains de Juso Sekai envahirent alors le monde originel et le territoire de Shinshu fut divisé par les envahisseurs. Arrivés en 1648, une rumeur selon laquelle l'apocalypse serait proche commence à se répandre.
Choi Jeong Wu est un simple étudiant peu ouvert d'esprit ayant souvent changé d'école à cause du travail de son père. Meilleure élève de l'école et présidente de sa classe, Yang Ah Yeong est une jeune fille réservée n'exprimant jamais ses sentiments. Im Deok Won est un étudiant très naïf mais gardant toujours le sourire. Aussi surnommé « Ours brun », Lee Yeok Ho est réputé comme étant la terreur du lycée, bien qu'il soit en réalité un être bienveillant ayant pour rêve de devenir boxeur professionnel. Sin Yeong Bok et Lee Won Il appartiennent également au gang du lycée et passent la plupart de leur temps à intimider leur camarades. Jang Hyeon Jin est l'une des meilleurs élèves du lycée et amie d'Ah Yeong, mais elle finira pourtant par éprouver de la jalousie envers cette dernière qui deviendra encore plus populaire grâce à sa relation avec Jeong Wu.
Afin de prendre le pouvoir, Li Shi Min tue toute sa famille laissant pour seule survivante Li Chang Ge. Cette dernière jure alors vengeance. Pour y parvenir, elle décide de se déguiser en homme et de se rendre à la province de Shuo pour y lever une armée. Promue capitaine, elle mène une armée mais perd malheureusement la bataille contre le général turc Ashina Sun et devient alors son otage personnel.
Une trentenaire carriériste doit jongler entre un environnement professionnel impitoyable, deux prétendants et les critiques de sa mère.