La nouvelle aventure d’Indiana Jones débute dans un désert du sud‐ouest des États‐Unis. Nous sommes en 1957, en pleine guerre froide. Indy et son copain Mac viennent tout juste d’échapper à une bande d’agents soviétiques à la recherche d’une mystérieuse relique surgie du fond des temps. De retour au Marshall College, le Professeur Jones apprend une très mauvaise nouvelle : ses récentes activités l’ont rendu suspect aux yeux du gouvernement américain. Le doyen Stanforth, qui est aussi un proche ami, se voit contraint de le licencier. À la sortie de la ville, Indiana fait la connaissance d’un jeune motard rebelle, Mutt, qui lui fait une proposition inattendue.
L'Arche d'Alliance contenant les tables de la Loi brisées par Moïse, voici 3000 ans, est l'objet de la convoitise des nazis. L'archéologue aventurier Indiana Jones se lance à sa recherche, poursuivi par son ennemi Belloq.
L'archéologue Indiana Jones est obligé de fuir un cabaret de Shanghai après une négociation houleuse. En compagnie de la chanteuse Willie Scott et du petit Demi-Lune, il se retrouve sur un glacier himalayen, dans un village dont une secte a dérobé le diamant magique et enlevé les enfants afin de les sacrifier.
Caine est un trafiquant d'armes en fuite après une transaction ratée au Soudan. Il trouve refuge à Port Soudan proche de la mer Rouge. En cherchant un moyen de quitter l'île, il rencontre un couple de scientifiques américains, le professeur Mallare et sa partenaire Anna, qui lui proposent de les rejoindre pour une expédition maritime. Séduit par Anna, il accepte de devenir leur troisième coéquipier et surtout leur plongeur. Ils lui expliquent que l'ancien plongeur, un certain Mohamed, s'est fait dévorer par un requin. Anna lui fait croire qu'il doit plonger dans des eaux infestées de requins pour des recherches scientifiques mais Caine comprend très vite qu'elle et Mallare ne sont que deux chasseurs de trésors...
Perdu depuis plus de 200 ans, le trésor des Chevaliers du Temple fait partie de ces mythiques légendes. Ben Gates, archéologue et aventurier, se lance à la recherche de ce trésor qui a hanté les pensées de sa famille et de ses descendants depuis des générations. Mais il n'est pas le seul intéressé. Gates et son meilleur ami Riley Poole, expert en informatique, partent en exploration sur le continent Arctique et découvrent que le premier indice menant au trésor est caché dans le document le mieux gardé au monde, la Déclaration d'Indépendance. Dans une course contre le temps, ils doivent voler le document si précieux, décoder la carte cachée, semer le FBI, et éviter d'être tués par Ian Howe, un riche aventurier anglais. Et ce n'est que la première étape de cette chasse au trésor.
Aux abords du Kilimandjaro, le « Berceau de la Vie » abrite le plus mystérieux et le plus terrifiant des fléaux : la Boîte de Pandore, dont les germes pourraient en quelques heures anéantir l'Humanité. Au moment où Lara Croft, l'archéologue de charme, s'apprête à prendre possession de l'orbe contenant les coordonnées de ce trésor, un commando chinois fait irruption dans le temple sous-marin et s'en empare. Sauvée de la mort par ses fidèles assistants Bryce et Hillary, l'aventurière regagne son manoir, où elle reçoit bientôt la visite de deux émissaires du MI 6. Elle apprend ainsi que le commanditaire des tueurs et de leur chef Chen Lo n'est autre que le Dr Jonathan Reiss, un mégalomane cynique, soupçonné de fournir des armes biologiques high-tech aux plus offrants…