En 2045, Motoko Kusanagi et la Section 9 affrontent une nouvelle menace redoutable dans cette version long-métrage de la première saison de "SAC_2045".
L'armée du Ruban Rouge avait été détruite par Son Goku, mais des individus ont décidé de la faire renaître. Ils ont ainsi créé les cyborgs ultimes, Gamma 1 et Gamma 2. Autoproclamés les « Super Héros », ils lancent une attaque contre Piccolo et Son Gohan. Quel est le but de cette nouvelle organisation du Ruban Rouge ? Face à ce danger qui se rapproche, il est temps pour les vrais héros de se réveiller !
Lorsque Charlotte aux Fraises prend un emploi d'été dans un Ranch, elle est ravie de constater que son ami Angel Cake travaille aussi là-bas. Mais les choses se compliquent quand un concours est organisé pour désigner le futur dirigeant du Ranch. Du coup Angel Cake devient trop compétitive et perd l'amusement de ce job d'été. A la fin Angel Cake comprend que gagner n'est pas tout, et que tout le monde est capable d'avoir un ranch....
Chanteuse pop très populaire, Mima décide d’abandonner la scène pour devenir actrice. Sans regrets, elle quitte son groupe et accepte un petit rôle dans une série TV, déclenchant ainsi la colère de ses fans… et plus particulièrement celle de l’un deux. Le mystérieux « traqueur » passe à l’acte en dévoilant en détail la vie de Mima sur Internet, puis en menaçant ses proches. Des incidents violents se produisent et elle réalise que son existence se confond dangereusement avec la série dans laquelle elle joue. Mima sombre dans la schizophrénie tandis que les cadavres s’accumulent autour d’elle…
Sheeta, seule héritière des secrets de Laputa, la cité volante, attire l’avidité des pirates et de l’armée. Poursuivie, elle est sauvée par Pazu, un jeune pilote d’avion travaillant dans une cité minière.
Les membres de la brigade de gendarmerie de Saint‐Tropez tombent des nues, lorsqu’ils rencontrent les uns après les autres leurs doubles, sous forme d’extraterrestres se disant pacifiques. La venue d’une soucoupe volante, l’émotion qu’elle déclenche et la peur de l’inconnu vont faire venir la presse du monde entier dans cette jolie petite ville du bord de mer. Mais comment reconnaître les vrais gendarmes des faux ?
Après la mort de leurs parents, Chan-zan arrive à Shanghai accompagné de sa jeune soeur et observe que la communauté des artistes martiaux de la ville est entachée de désunion. Les différentes écoles poursuivent leurs propres objectifs personnels. La communauté divisée des arts martiaux reflète l'état de la Chine : les Chinois sont individualistes et se livrent souvent à des conflits internes au lieu de s'unir pour chasser leurs ennemis communs (les puissances étrangères coloniales) et retrouver la souveraineté de leur nation.
À Metropolis, une cité futuriste, humains et robots cohabitent, mais vivent dans des espaces bien délimités… Dans une atmosphère baignée par la musique de jazz, cette cité est le théâtre d'une enquête de police menée par un inspecteur japonais et son jeune neveu, Kenichi, au sujet d'un savant accusé de trafic d'organes, le docteur Laugthon, et qui va s'avérer être au service de l'homme le plus puissant de la ville. Celui-ci utilise les services du savant pour créer un robot ultra-moderne, ayant l'apparence d'une petite fille, Tima. Ce robot est la clé d'une arme secrète destinée à lui assurer la domination du monde, la Ziggurat, une haute tour à l'image de la tour de Babel, conçue pour égaler Dieu.
La planète Eltria se meurt. Un couple de chercheurs persiste cependant à y vivre en compagnie de leurs deux filles, Amitie et Kirie, convaincus qu'ils trouveront un remède pour sauver leur monde. Cependant, le père des deux jeunes filles finit par tomber malade, mettant ainsi fin à leur rêve. Kirie et son amie d’enfance se rendent alors dans un monde alternatif pour quérir de l’aide. Une fois parvenues au Japon, à notre époque, elles font une découverte qui pourrait garantir la sauvegarde d’Eltria.