Alors qu'un garçon courageux, mais dépourvu de pouvoirs magiques, rêve de devenir empereur-mage, quatre anciens empereurs-mages reviennent pour anéantir le royaume de Clover.
Sur la Terre, huit mois après la fin de la Guerre d'Un An. Le capitaine Monica lance une mission secrète, l'Opération Thunderbolt, et choisit Io pour piloter l'Atlas Gundam. Elle mène l'assaut à bord du vaisseau Spartan dans une partie de l'océan sous le contrôle de l'Alliance des Mers du Sud. Leur objectif est de sécuriser ou détruire les données du Psycho Zaku détenu par l'Alliance. Daryl, qui a pris l'ascendant dans son combat contre Io, est descendu sur Terre parmi les survivants des forces de Zeon. Il a également reçu l'ordre de recueillir des informations sur le Psycho Zaku. En combattant aux côtés de ses nouveaux camarades, Io fait la rencontre de Peer, qui dirige la garnison frontalière de l'Alliance des Mers du Sud. Des vagues de l'océan jusqu'aux champs de glace, en passant par les profondeurs de la jungle, les Mobile Suits de Zeon, de la Fédération et de l'Alliance des Mers du Sud vont s'affronter sans relâche.
Qui est ce garçon qui reste longtemps assis sans bouger sur un banc face à la mer ? Shun, un écrivain en devenir, ne peut pas s'empêcher de lui adresser la parole. Suite à cela, Mio commence lui aussi à s'intéresser à Shun, mais il est malheureusement sur le point de déménager. Avant de partir, il exprime son impatience à devenir adulte. Trois ans plus tard, un Mio ayant bien grandi réapparaît devant Shun, un sourire timide aux lèvres. Le temps qui leur avait paru s'arrêter reprend son cours lorsque leurs sentiments se retrouvent partagés.
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
L'histoire se déroule un an après les évènements de la série TV. Alors qu'un festival doit réunir tous les districts du royaume de Dôwâ, de sombres rumeurs se propagent : et si un nouveau Coup d'Etat était en préparation ?
Miyu n'est pas une jeune fille ordinaire mais un vampire millénaire. Gardienne d'une tradition ancestrale, elle protège le Japon de l'invasion d'une confrérie de suceurs de sang animés de mauvaises intentions, les Shinmas. Dans cette première série d'enquêtes, Miyu est confrontée à deux entités maléfiques dérobant les âmes de leurs victimes en travestissant leur souvenirs. Combattant les subterfuges de ses ennemies en usant de perspicacité et de persuasion, Miyu gagne la confiance d'une médium humaine, Himiko. Ne comprenant pas dans quel univers elle vient de pénétrer, la jeune prophète va quand même décider de s'engager dans un terrible voyage dont elle ne connait pas l'issue...
Hakodate, région d'Hokkaido. Une carte de Kaito Kid est retrouvée dans les entrepôts du groupe Onoe. En même temps, un cadavre tailladé d'une croix à la poitrine est découvert dans le quartier des entrepôts de Hakodate. La piste mène l'enquête au "vendeur de mort", un Américain d'origine japonaise opérant comme marchand d'armes dans le bassin asiatique. Place à une chasse au trésor épique !
La guerre civile fait rage sur Vénus. La planète est déchirée entre Ishtar et Aphrodia et les civils doivent endurer couvre-feu et patrouilles continuels. Suzanne Summers, journaliste, arrive sur Vénus pour couvrir la guerre civile qui sévit. Elle rencontre Hiro qui fait partie d'un commando rebelle de motards, et se trouve alors impliquée dans l'affaire…
Les perles d'écume que Vahiné Calypso pêche dans le Lagon doré disparaissent chaque nuit. Charlotte aux fraises et ses amies enquêtent pour trouver le voleur.