Dans une société où les héros et les vilains s'affrontent continuellement au nom de la paix et du chaos, Deku, un étudiant du lycée U.A. qui aspire à devenir le meilleur héros possible, affronte celui qui imite le héros qu'il admire depuis longtemps. Deku et les autres élèves de la classe 1-A du lycée U.A. pourront-ils protéger le monde en mettant fin aux agissements de Dark Might, l'homme qui prétend être le nouveau symbole de la paix ?
Peco et Smile sont les deux meilleurs amis du Monde. Depuis leur plus jeune âge, ils jouent au ping-pong ; l’un conçoit ce sport comme une finalité, tandis que l’autre prend ça uniquement pour un jeu qui lui permet d’être près de son ami et modèle... Les deux enfants grandissent. Peco, malgré son arrogance, possède un don évident... même si une trop grande confiance en ses capacités l’empêche d’être le meilleur. Smile quant à lui, reste dans l’ombre de son ami et ne développe pas son jeu. ButterFly Joe, leur coach, sait que Smile est très doué et tente de lui faire comprendre qu’il peut devenir un champion... même si ce dernier montre un désintérêt alarmant pour le tennis de table..
Nous sommes en l'an A.D. 2307. Le monde a épuisé toutes les ressources combustibles de la planète et l'ère solaire a débuté. Dans cette course à l'énergie, trois grandes puissances ont réussi à s'imposer en créant des ascenseurs orbitaux (AEU, USEFN, HRL). Cependant, le partage de cette nouvelle ressource crée des conflits entre ces trois grands qui se disputent le marché, mais aussi avec les autres pays qui ne bénéficient pas de l'exploitation de cette dernière. Religion, économie et politique sont les principales raisons des incessantes guerres civiles qui se déroulent un peu partout à la surface du globe. Alors que l'AEU présente au monde sa nouvelle armure mobile fonctionnant uniquement à l'énergie solaire, une Mobile Suit inconnue débarque et détruit cette dernière sans difficulté. Un peu plus tard, deux autres armures mobiles similaires font échouer un attentat visant un ascenseur orbital…
Sanjay est un grand physicien qui étudie l'existence des extra-terrestres. Sur le point de faire une découverte capitale, il est victime, avec son épouse enceinte, d'un accident de voiture au cours duquel il décède. Vingt ans plus tard, Rohit qui est resté attardé mental suite à l'accident, vit avec sa mère. Ami des enfants, il est néanmoins le souffre-douleur des voyous de son âge. Dans une remise, il retrouve le matériel informatique de son père : branché, l'appareil le met en contact avec une vie extra-terrestre qui dépêche sur Terre un vaisseau spatial. Reparti précipitamment, l'engin abandonne dans la forêt l'un des leurs : Rohit le recueille et devient son ami...
Ère cosmique, année 75 : les conflits font toujours rage. Mouvements indépendantistes, offensives du Blue Cosmos… Afin d'enrayer cette spirale naît l'organisation de surveillance de la paix dans le monde « COMPASS », sous l'égide de Lacus et au nom de laquelle Kira et ses camarades sont amenés à intervenir dans les conflits de par le monde. C'est alors que le jeune royaume de Fondation leur propose de mener une opération conjointe contre le quartier général du Blue Cosmos…
Jim et Hilda, un couple de retraités, vivent dans un cottage isolé en pleine campagne. Ils apprennent qu’une nouvelle guerre se prépare : une guerre nucléaire. Le couple, confiant dans le gouvernement du pays qui a déjà gagné deux conflits mondiaux, ne comprend guère les implications de cette nouvelle menace mais suit à la lettre les instructions de survie absurdes. La guerre est annoncée à la radio. Hilda se précipite pour aller chercher le linge et Jim, en panique, se met en colère pour la première fois contre sa femme. Les missiles tombent et le cottage est la dernière chose débout dans un paysage calciné. Jim et Hilda se mettent à faire le ménage en attendant que leurs « gars » arrivent. Sans eau ni nourriture, ils commencent à se sentir malades, ignorant qu’ils subissent les premiers effets de la radioactivité…
Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.