L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...
Généticien de génie, le professeur John Hammond a recréé de nombreuses espèces de dinosaures à partir d'une goutte de sang prélevée sur un moustique fossilisé. Démiurge naïf et généreux, dépassé par ses propres ambitions, il projette d’ouvrir un gigantesque et terrifiant parc d'attractions. Mais la pureté de son rêve se heurte à la cupidité des hommes et, plus grave, à la violence latente, indomptable de la Nature.
Quatre ans après le terrible fiasco de son Jurassic Park, le milliardaire John Hammond rappelle le Dr Ian Malcolm pour l'informer de son nouveau projet. Sur une île déserte, voisine du parc, vivent en liberté des centaines de dinosaures de toutes tailles et de toutes espèces. Ce sont des descendants des animaux clonés en laboratoire. D'abord réticent, Ian se décide à rejoindre le docteur quand il apprend que sa fiancée fait partie de l'expédition scientifique. Il ignore qu'une autre expédition qui n'a pas les mêmes buts est également en route.
Huit ans après la débâcle d'Ingen, le célèbre paléontologue Alan Grant peine à trouver les fonds nécessaires pour financer ses recherches sur les dinosaures. Paul Kirby et sa femme Amanda, se disent prêts à financer ses travaux à condition qu'il les accompagne dans leur tournée aérienne au-dessus du nouveau site d'Ingen : Isla Sorna. Grant flaire l'entourloupe lorsque l'avion amorce sa descente sur l'île. C'est au cours d'un accident avec une créature géante qu'il réalise alors que les Kirby sont en fait ici pour retrouver leur fils de 14 ans, Eric disparu depuis quelques jours dans cette jungle peuplée de dinosaures.
Sur l'île de l'obélisque, un séisme fait s'écrouler une immense statue, ce qui révèle une grande caverne. Alors que les scientifiques l’explorent, ils découvrent un bébé reptile à l'intérieur. La créature est rapatriée au Japon où elle subit des tests divers. C’est alors que les parents du reptile capturé commencent à attaquer le Japon à la recherche de leur enfant.
Version japonaise.Tako, directeur de la publicité de Pacific Pharmaceuticals, est frustré par les faibles cotes d'écoute de leur programme télévisé sponsorisé. Cherchant une approche plus sensationnaliste, il ordonne à son personnel de se rendre sur l'île de Faro, capturant Kong pour l'utiliser comme un outil de marketing. Alors que Godzilla réémerge, une frénésie médiatique se produit avec Tako qui cherche à capitaliser sur le match de lutte ultime.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.
Le Muséum d'Histoire Naturelle renferme dans ses murs un secret mystérieux et stupéfiant que Larry, nouveau gardien de sécurité, ne va pas tarder à découvrir avec affolement : la nuit, toutes les expositions prennent vie ! Sous ses yeux, les soldats romains et les cow-boys miniatures se lancent dans une guerre acharnée, Attila et ses Huns commencent à piller les expositions avoisinantes, la momie tente de sortir de son sarcophage, le squelette du redoutable – mais néanmoins attachant – tyrannosaure rôde dans les couloirs... Le chaos est total ! Larry pourra-t-il remettre de l'ordre dans ses collections et sauver le musée ?
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
À la fin du XXe siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
Ryota vole un un bateau pour partir à la recherche de son frère disparu. Pendant le voyage en mer, le navire est attaqué par une terrible créature géante, Ebirah. Ayant accosté sur l'île de Letchi, il découvre que Mothra, un autre monstre, pourrait être capable de l'arrêter. En réalité, Mothra a besoin de renfort et Ryota va alors tout faire pour réveiller Godzilla...
Un navire est attaqué par une pieuvre géante, puis sauvé par un monstre vert et gigantesque, qui pourtant, ne tardera pas à dévorer les survivants, avant de fondre sur Tokyo. Le Docteur Stewart, un Américain, reconnaît là une espèce de monstre dont il sait qu'un autre spécimen est aussi en vie.