Dès sa sortie de prison, Jake Blues est emmené par son frère Elwood chez Sœur Mary Stigmata, qui dirige l’orphelinat dans lequel ils ont été élevés. Ils doivent réunir 5 000 dollars pour sauver l’établissement, sinon c’est l’expulsion.
Un pianiste de jazz jouant dans un bar à Saint Louis rencontre un clarinettiste qui tente de le convaincre de monter un groupe. Après une bagarre, ils sont jetés en prison en compagnie d'un batteur et d'un bassiste. Ils entendent un autre prisonnier chanter une chanson de blues.
18 ans plus tard, Elwood Blues sort de prison, quelque peu déprimé. Jake est mort, l'orchestre s'est dispersé aux quatre vents et l'orphelinat où il avait grandi a été rasé. Dans sa détresse, il se tourne vers son ancien professeur, l'énergique Sœur Mary Stigmata, qui se risque à lui confier temporairement la garde d'un petit orphelin de 10 ans au tempérament rebelle qui se nomme Buster. Les voies du Seigneur sont impénétrables et Elwood, flanqué du petit garçon, décide de rassembler les membres épars de l'orchestre.
Eugène Martone, un jeune new yorkais d'une famille aisée suit des cours de guitare classique au conservatoire. Comme il adore le blues, il se lance à la recherche d'une chanson perdue du légendaire Robert Johnson. Le seul survivant de cette époque s'appelle "Blind Dog" Fulton, alias Willie Brown. En compagnie de Blind Dog, "Lightnin' Boy" Eugene part pour le Mississipi, berceau du blues. Au lieu-dit "Crossroads", un marché est conclu, lequel mènera à une confrontation impitoyable à la guitare.