Shota Kadomatsu aimerait avoir une petite amie, mais avec son uniforme d'étudiant d'une classe peu appréciée, ce n'est pas facile.
Quelques années avant la Seconde Guerre mondiale, Chiyo, une petite fille japonaise, est arrachée à sa famille pauvre pour aller travailler comme servante dans une maison de geishas. En grandissant, elle se plie avec docilité à l'initiation difficile qui fera d'elle une vraie geisha. Elle triomphe des pièges que lui tend sa rivale, la fourbe Hatsumomo et devient, après des années de travail, la légendaire geisha Sayuri. Très belle, épanouie dans son art, Sayuri fascine les hommes les plus puissants. Mais celle qui n'a plus le droit d'aimer reste hantée par l'amour qu'elle porte, en secret, au seul homme qu'elle ne peut atteindre...
Une mère privée de sa famille, humiliée, violée puis emprisonnée donne naissance à une fille durant sa captivité, Yuki. Cette dernière sera élevée pour devenir un instrument de vengeance redoutable.
Quatre frères et soeurs vivent avec leur mère. L'ainé, Akira, s'occupe de ses jeunes frères et soeurs, chacun d'un père différent. Un matin d'hiver, leur mère disparaît et les enfants commencent à vivre seuls.
Marie-Thérèse, une religieuse suisse en mission, rencontre un ingénieur japonais à bord d'un bateau, allant de Marseille à Yokohama.
En 1876, le capitaine Nathan Algren vit avec les souvenirs des batailles sanglantes menées contre les Sioux. Fort de son expérience au combat, il devient conseiller militaire pour le compte de l'empereur japonais soucieux d'ouvrir son pays aux traditions et au commerce occidentaux et d'éradiquer l'ancienne caste guerrière des samouraïs. Mais ceux-ci influent sur le capitaine Algren, qui se trouve bientôt pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
Kyoto, au XIe siècle. Sous le portique d'un vieux temple en ruines, Rashômon, trois hommes s'abritent de la pluie. Les guerres et les famines font rage. Pourtant un jeune moine et un vieux bûcheron sont plus terrifiés encore par le procès auquel ils viennent d'assister. Ils sont si troublés qu'ils vont obliger le troisième voyageur à écouter le récit de ce procès : celui d'un célèbre bandit accusé d'avoir violé une jeune femme et tué son mari, un samouraï. Le drame a eu lieu dans la forêt à l'orée de laquelle est situé le portique de Rashômon. L'histoire est simple : Qui a tué le mari ? Le bandit Tajomaru, la femme, un bûcheron qui passait ou le mari lui-même qui se serait suicidé ? Autant d'hypothèses vraisemblables. Mais les dépositions des témoins devant le tribunal apportent à chaque fois une version différente du drame, et la vérité ne percera qu'après de nouvelles révélations surprenantes...
Sous le règne de l'empereur Suzaku (930-946), divers événements se produisent après qu'un étrange arc-en-ciel blanc soit apparu dans le ciel de Kyoto.
Le film en deux parties prendra la place d'une quatrième saison pour Sailor Moon Crystal. Les films couvriront l'arc « Dead Moon » du manga original de Takeuchi.