Un groupe d'explorateurs plus différents les uns que les autres s'aventurent au cœur d'une île inconnue du Pacifique, aussi belle que dangereuse. Ils ne savent pas encore qu'ils viennent de pénétrer sur le territoire de Kong…
L'Armée de la Croix noire projette d'envahir le monde. Mais le commandant Gonpachi Edogawa décide alors de former une équipe à laquelle est confiée la tâche de lutter contre cette menace.
Une tempête effroyable se déchaîne sur le Pacifique, engloutissant un pétrolier tandis qu'un immense éclair illumine le ciel au-dessus de la Polynésie française. Des empreintes géantes creusent un inquiétant sillon à travers des milliers de kilomètres de forêts et de plages au Panama. Les navires chavirent au large des côtes américaines et ces horribles phénomènes s'approchent de plus en plus près de New York. Le chercheur Nick Tatopoulos est arraché à ses recherches afin d'aider les États-Unis à traquer le monstre qui est à l'origine de ces désastres mystérieux.
Carl Denham, un cinéaste en quête de notoriété, prépare un tournage dans les mers du Sud. Il embarque avec toute son équipe à bord du «Venture». Bien que les acteurs soient persuadés de tourner un film d'amour et d'aventures, le réalisateur espère secrètement que le voyage les conduira à Skull Island (l'île du Crâne), une terre inexplorée où, dit-on, les indigènes adorent une créature mystérieuse et terrifiante. Les foules, pense-t-il, se presseront pour découvrir les images qu'il rapportera de son voyage. Ann Darrow, artiste de music-hall au chômage, a été embauchée au dernier moment pour pallier la défection de l'actrice principale.