Une petite île dans le sud du Pacifique. Quatre aventuriers trouvent une opale. L'un seul survit aux dangers de la jungle et ramène la pierre précieuse au Japon. Bientôt, les scientifiques découvriront qu'il s'agit en fait d'un oeuf de lézard. Soumis aux radiations, le petit animal se transorme en monstre géant. Surnommé "Barugon", il émet une raie de lumière déstructrice et attaque le pays. Gamera, un autre géant qui s'est échappé de sa prison spatiale, revient sur Terre afin d'aider les humains dans leur combat...
Un affrontement aérien entre chasseurs américains et soviétiques se termine par l'explosion d'une arme nucléaire qui réveille une tortue géante, la terrifiante Gamera. L'animal, capable de voler, détruit rapidement un navire de recherche nippon avant de se rendre au Japon, où il sème la terreur...
Dans la ville minière de Kitamatsu, les ouvriers craignent pour leurs vies. Le puits est devenu trop profond, causant inondation et éboulements dans les boyaux d'extraction. Deux mineurs disparaissent alors dans les sous-sols, puis les policiers partis à leur secours sont retrouvés mutilés. La nuit, Shigeru et Kyo, deux proches de l'un des disparus, sont attaqués par un monstre provenant de la mine...
Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour tuer King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.
Des extraterrestres, venus d'un système nébulaire détruit, planifient l'invasion de la planète Terre en prenant comme couverture un parc d'attraction pour enfants. En réalité, la tour Godzilla qu'ils ont construit leur sert à contrôler Gigan et King Ghidorah qui détruisent tout sur leur chemin. Godzilla et son ami Anguirus tentent d'arrêter les deux monstres de l’espace.
Deux adolescents dirigent un magasin de jouet de haute technologie. Ce magasin leur sert de couverture pour leur lutte contre le crime en tant que héros masqués.