Au cours d'un mariage, un commando armé massacre l'assistance, laissant pour morte la Mariée et l'enfant qu'elle porte. Après 4 ans de coma, la Mariée se lance à la poursuite des assassins, membres du clan de Bill, au sein duquel, sous le pseudonyme de Black Mamba, elle exerça elle-même autrefois ses talents de redoutable tueuse…
Jojima est un policier qui s'est fixé comme but de mettre fin aux activités du truand Ryuichi. Mais quand il voit que le seul moyen de sauver sa fille, atteinte d'une maladie mortelle, est de réclamer l'aide d'un caïd yakuza afin de payer l'opération, Jojima n'hésite pas et pactise avec l'ennemi. De son côté, Ryuichi a également des problèmes familiaux : son petit frère, de retour des Etats-Unis où il était parti étudier, réalise soudainement que l'argent qui a financé sa formation provient d'actions criminelles. La tension et la rage vont aller crescendo...
Un chef de gang a disparu, ainsi qu'une énorme somme d'argent qu'il avait en sa possession. Ses hommes se mettent à sa recherche, pensant d'abord à un coup d'une bande rivale. Mais ils découvrent rapidement que c'est un tueur professionnel qui se cache derrière toute cette affaire.
Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…