L'astronaute Brent est envoyé au secours de Taylor, mais s'écrase à son tour sur la "planète des singes". Cherchant à retrouver son compagnon avec l'aide de Nova, il suit sa trace jusque dans la "zone interdite" où il découvre une société de mutants humains télépathes.
En 1990, les animaux domestiques et le personnel de service ont disparu au profit des singes-esclaves. Mais ces derniers se révoltent et prennent le pouvoir, sous l'impulsion de Caesar, le fils de Cornélius et Zira...
Sur la Terre dominée par des singes, Caesar, pacifique, doit affronter le général gorille Aldo. Mais une autre menace fait son apparition : des mutants commandés par le gouverneur Kolp.
En 2029, un groupe d'astronautes entraîne sur la station orbitale Oberon des singes pour remplacer l'homme dans des explorations spatiales à haut risque. Suite à la réception d'étranges signaux, les astronautes envoient le chimpanzé Pericles afin d'en connaître l'origine. Toutes les communications entre le primate et la station sont subitement interrompues et le vaisseau disparaît des radars. Désobéissant à ses supérieurs, Leo Davidson embarque dans un des vaisseaux expérimentaux pour aller porter secours à Pericles. Tout comme lui, il perd le contrôle des commandes et s'écrase dans les marais d'une forêt tropicale. L'intrépide pilote voit alors un groupe d'humains affolés foncer droit sur lui, et se fait capturer par des chimpanzés parlants. Qu'est-il arrivé sur cette planète pour que des singes en viennent à dominer la race humaine ?
Égaré dans l'espace-temps, un engin spatial américain s'écrase en 3978 sur une planète inconnue. Les astronautes Taylor, Landon et Dodge découvrent que les hommes primitifs de cette planète mystérieuse sont placés sous le joug de singes très évolués.
César et les Singes sont contraints de mener un combat dont ils ne veulent pas contre une armée d'Humains dirigée par un Colonel impitoyable. Les Singes connaissent des pertes considérables et César, dans sa quête de vengeance, va devoir lutter contre ses instincts les plus noirs. Au terme d’un périple qui le conduira à un face à face avec le Colonel, les Singes et les Humains vont se livrer une guerre sans merci à l’issue de laquelle une seule des deux espèces survivra - et dominera la planète.
Une capsule spatiale renfermant un chimpanzé revient sur Terre. Elle contient également une substance inconnue qui permet au singe, ainsi qu’à un scorpion, d’atteindre des tailles gigantesques, entraînant une lutte pour la domination du monde.
Après avoir détruit le bateau qui le tenait prisonnier, Kong tue un requin géant. Il finit par atteindre les côtes de la Corée où il sème terreur et destruction. Rien ne semble pouvoir l'arrêter, mais ce serait compter sans les charmes de Marilyn Baker, un ravissante actrice blonde américaine venue tourner dans une production locale.
Dans un laboratoire, des scientifiques expérimentent un traitement sur des singes pour vaincre la maladie d’Alzheimer. Mais leurs essais ont des effets secondaires inattendus : ils découvrent que la substance utilisée permet d’augmenter radicalement l’activité cérébrale de leurs sujets. César, est alors le premier jeune chimpanzé faisant preuve d’une intelligence remarquable. Mais trahi par les humains qui l’entourent et en qui il avait confiance, il va mener le soulèvement de toute son espèce contre l’Homme dans un combat spectaculaire.
Plusieurs générations après le règne de César, les singes ont définitivement pris le pouvoir. Les humains, quant à eux, ont régressé à l'état sauvage et vivent en retrait. Alors qu'un nouveau chef tyrannique construit peu à peu son empire, un jeune singe entreprend un périlleux voyage qui l'amènera à questionner tout ce qu'il sait du passé et à faire des choix qui définiront l'avenir des singes et des humains…