Benigno, un jeune infirmier, et Marco, un écrivain d’une quarantaine d’années, se rendent, chacun de son côté, à un spectacle de Pina Bausch, Café Müller. Ils sont assis l’un à côté de l’autre. La pièce est si émouvante que Marco éclate en sanglots. Apercevant les larmes de son voisin, Benigno aimerait lui faire part de son émotion, mais il n’ose pas. Quelques mois plus tard, les deux hommes se retrouvent dans d’autres circonstances, à la clinique El Bosque, où travaille Benigno. Lydia, la petite amie de Marco, torero professionnel, est plongée dans un profond coma suite à un accident survenu lors d’une corrida. Benigno, quant à lui, est au chevet d’Alicia, une jeune danseuse également dans le coma. Lorsque Marco passe à côté de la chambre d’Alicia, Benigno, sans hésiter, s’approche de lui. C’est le début d’une grande amitié quelque peu mouvementée.
Manuela, infirmière, vit seule avec son fils Esteban, passionné de littérature. Pour l'anniversaire de Manuela, Esteban l'invite au théâtre ou ils vont voir « Un tramway nommé désir ». À la sortie, Manuela raconte à son fils qu'elle a interprété cette pièce face à son père dans le rôle de Kowalsky. C'est la première fois qu'Esteban, bouleversé, entend parler de son père. C'est alors qu'il est renversé par une voiture. Folle de douleur, Manuela part à la recherche de l'homme qu'elle a aimé, le père de son fils.
Deux garçons, Ignacio et Enrique, découvrent l'amour, le cinéma et la peur dans une école religieuse au début des années soixante. Le père Manolo, directeur de l'institution et professeur de littérature, est témoin et acteur de ces premières découvertes. Les trois personnages se reverront deux autres fois, à la fin des années 70 et en 1980. Cette deuxième rencontre marquera la vie et la mort de l'un d'entre eux.
Donnie Darko est un adolescent de seize ans pas comme les autres. Intelligent et doté d'une grande imagination, il a pour ami Frank, une créature que lui seul peut voir et entendre. Lorsque Donnie survit par miracle à un accident, Frank lui propose un étrange marché. La fin du monde approche et ce dernier doit accomplir sa destinée. Des événements bizarres surviennent dans la petite ville tranquille, mais Donnie sait que derrière tout cela se cachent d'inavouables secrets. Frank l'aidera à les mettre à jour, semant ainsi le trouble au sein de la communauté.