Un homme nommé Shouichi Tsugami a perdu ses souvenirs. Il ne sait pas qui il est, d'où il vient, ou comment il est venu sur ses circonstances particulières. Tsugami, apparemment sans raison, se transforme en un puissant surhumain, Kamen Rider Agito , chaque fois en présence des êtres désignés par la police comme "l' Inconnu ", une race de monstres puissants qui ont causé des meurtres autour de Tokyo, ciblant certaines personnes comme leur proie. En réponse, le département de police déchaîne son arme la plus récente: la combinaison de combat Kamen Rider G3 , développée à l'origine pour lutter contre les «formes de vie non identifiées», les ennemis du n ° 4 ( Kamen Rider Kuuga ). G3 et Agito ne savent pas s'ils doivent rejoindre et vaincre les Inconnus, leur ennemi commun, ou se combattre, gardant les mystères qui les unissent.
Version japonaise.Tako, directeur de la publicité de Pacific Pharmaceuticals, est frustré par les faibles cotes d'écoute de leur programme télévisé sponsorisé. Cherchant une approche plus sensationnaliste, il ordonne à son personnel de se rendre sur l'île de Faro, capturant Kong pour l'utiliser comme un outil de marketing. Alors que Godzilla réémerge, une frénésie médiatique se produit avec Tako qui cherche à capitaliser sur le match de lutte ultime.
Des scientifiques mènent des expériences climatiques sur l'île de Solgell, ce qui a pour effet de déclencher une tempête et de transformer les mantes locales en monstres géants : les Kamacuras. Alors que celles-ci découvrent un œuf géant et s'apprêtent à tuer le bébé, Godzilla arrive et lui sauve la vie avant d'entreprendre son éducation...
Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
Des extraterrestres, venus d'un système nébulaire détruit, planifient l'invasion de la planète Terre en prenant comme couverture un parc d'attraction pour enfants. En réalité, la tour Godzilla qu'ils ont construit leur sert à contrôler Gigan et King Ghidorah qui détruisent tout sur leur chemin. Godzilla et son ami Anguirus tentent d'arrêter les deux monstres de l’espace.