Nord de l’Italie, hiver 1944. Après un assaut qui s’est transformé en débâcle, pris de panique, plusieurs soldats se retrouvent coupés de leur régiment. Inexpérimentés, appartenant au contingent brésilien allié aux américains, ils craignent de se voir accusés de désertion. Afin de se racheter, ils décident de déminer la Route 47, point de passage incontournable pour les alliés.
La prison de Carandiru, à São Paulo, est la plus grande d'Amérique latine. Dans cet endroit surpeuplé et délabré, un célèbre médecin doit mener un programme de prévention contre le sida. Habitué à la médecine haut de gamme, il va devoir apprendre à se débrouiller en se fiant à son instinct. Peu à peu, il découvre les détenus, leur monde à part, leur humanité et leur fabuleuse envie de vivre. A force de contacts et de temps, il gagne leur respect et partage leurs secrets. A travers son regard, c'est toute la tragédie sociale d'un pays qui se révèle, jusqu'au jour du terrible massacre de Carandiru...
Dora, ex-institutrice, gagne sa vie en écrivant des lettres pour les migrants illettrés à la gare centrale de Rio. Ana et son jeune fils Josue font appel à ses services pour retrouver le père de Josue. Lorsque Dora rentre dans son petit appartement de banlieue, elle fait le tri des lettres de la journée, en envoie certaines, jette les autres et en garde une partie dans un tiroir. C'est ce qui arrive à la lettre de Josue. Quand sa mère meurt, renversée par un bus, Josue demande à Dora de l'aider à retrouver son père. D'abord insensible, Dora finit par accepter de l'aider.
Laranjinha et Acerola vont bientôt avoir 18 ans. Ils ont grandi ensemble dans les favelas de Rio de Janeiro. Acerola est marié et a un fils de deux ans dont il doit s'occuper. Habitué à sa liberté, il se sent prisonnier et vit sa paternité comme un fardeau. Pour Laranjinha, le problème n'est pas d'être père, mais de ne jamais en avoir eu. Bien décidé à retrouver son géniteur, il commence à fouiller dans son passé. Alors que les deux amis se débattent avec les premières épreuves de l'âge adulte, ils sont entraînés malgré eux dans les guerres intestines que se livrent les trafiquants de drogue et les bandes locales...
1997. Les milices armées liées au trafic de drogue contrôlent les favelas de Rio. Rongée par la corruption, la police n'intervient plus sur le terrain. Les forces d'élite du BOPE (Bataillon des opérations spéciales de police) sont livrées à elles-mêmes dans leur lutte sans merci contre les trafiquants. Mais le maintien de l'ordre a un prix : il est de plus en plus difficile de distinguer le bien du mal, de faire la différence entre l'exigence de justice et le désir de vengeance. Le Capitaine du BOPE Nascimento est en pleine crise : en plus de risquer sa vie sur le terrain, il doit choisir et former son successeur, dans l'espoir de quitter cette vie de violence et de rester auprès de son épouse, qui s'apprête à donner naissance à leur premier enfant. Neto et Matias, deux de ses recrues les plus récentes, sont amis d'enfance : l'un est un as de la gâchette, l'autre refuse de transiger sur ses idéaux.
L'apre lutte pour la survie d'une famille paysanne du nord-est, a la fois aux prises avec la secheresse et les abus de pouvoir des autorites.
En 1970 au Brésil alors que la Coupe du Monde de football fait succès le régime politique se durcit. C'est à cause de ce contexte chaotique que les parents du jeune Mauro âgé de 12 ans décident de "partir en vacances". Mais en réalité ils fuient cette dictature tout en confient leur enfant à son grand-père. Malheureusement celui-ci n'est pas au rendez-vous et Mauro est finalement recueilli par la communauté juive de Sao Paulo. L’été de toutes les émotions, passant de joies à angoisses...
En 1952, deux jeunes Argentins, Alberto Granado et Ernesto Guevara, partent à la découverte de l'Amérique latine. Ils débutent leur périple sur une vieille moto baptisée « La Vigoureuse ». La confrontation avec la réalité sociale et politique des différents pays visités altère la perception que les deux amis ont du continent. Cette expérience éveillera de nouvelles vocations associées à un désir de justice sociale.