Dans un futur proche, les hommes sont parvenus à prolonger et améliorer la vie de leurs semblables à l'aide d'organes artificiels extrêmement sophistiqués et coûteux, élaborés par une société connue sous le nom de L’Union. Le sombre coté de cette percée scientifique : lorsque les "greffés" ne sont plus à même d'honorer les échéances de leur crédit, L’Union envoie alors ses agents spécialisés, les Repo Men, pour reprendre la marchandise, sans se préoccuper du confort ou de la survie de leurs clients insolvables. Rémy, un des meilleurs Repo Men sur le marché, est victime d'un arrêt cardiaque et se réveille avec le dernier modèle de cœur artificiel implanté dans le thorax, et la note salée qui l'accompagne.
Dans une garderie loin, loin d’ici… à Springfield, Maggie part à la quête de sa tétine perdue. Son aventure la mène à rencontrer jeunes Padawans, Seigneurs Sith, droïdes familiers, et vermine rebelle dans un combat ultime contre le Côté Obscur dans ce court-métrage en l’honneur de la galaxie Star Wars.
Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l'un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d'étranges songes et des messages cryptés provenant d'un certain Morpheus. Celui‐ci l'exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu'est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n'est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l'Élu, le libérateur mythique de l'humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…
Un homme est confronté à son passé lors d'une expérience qui tente de trouver une solution aux problèmes d'un monde post-apocalyptique causé par une guerre mondiale.