Le documentaire se déroule dans une seule et unique pièce de la prison de Folsom et relate l'expérience de trois personnes de l'extérieur venues participer à une thérapie de groupe de quatre jours avec des détenus qui ont commis des crimes graves.
Début 2004, le monde entier découvre avec stupéfaction les photos qui prouvent les mauvais traitements et les infamies dont ont été victimes des prisonniers iraquiens détenus à la prison américaine d'Abu Ghraib. Pendant deux ans, Errol Morris a enquêté pour découvrir ce qui s'est vraiment passé là-bas durant l'automne 2003. Grâce aux photos prises par les soldats, aux témoignages de plusieurs spécialistes et de personnes parfois directement impliquées dans cette affaire, Errol Morris a reconstitué la chronologie des faits et étudié le contexte qui a conduit à ces extrémités. Interview après interview, photo après photo, l'affaire des tortures d'Abu Ghraib prend une dimension bien plus vaste et beaucoup plus dérangeante que celle brossée par les médias. Même si les soldats pris en photo en train d'humilier et de torturer les prisonniers iraquiens ont été condamnés, étaient-ils les seuls coupables ? Pourquoi aucun gradé n'a-t-il jamais été mis en cause ? Qui est vraiment responsable ?
Il y a 100 000 citoyens américains en isolement cellulaire à travers le pays, un nombre stupéfiant qui a suscité des commentaires à la fois du président Obama et du pape. Située dans la Virginie rurale, à 300 miles de tout centre urbain, la prison d'État de Red Onion est l'une des plus de 40 prisons supermax à travers les États-Unis construites pour détenir des prisonniers dans des cellules de huit pieds sur dix pendant 23 heures par jour. Tourné sur une période d'un an, ce film révélateur tresse des images de prison austères, des histoires d'agents de correction et des réflexions intimes d'hommes enfermés en isolement. Les détenus partagent les chemins qui les ont conduits en prison et leurs luttes quotidiennes pour maintenir leur santé mentale.
Durant la tournée de promotion de son livre "Downsize This!" à travers les États-Unis, Moore montre à chaque ville traversée la réalité sociale et le chômage en allant à la rencontre des salariés et des dirigeants d'entreprise. Il dénonce les pratiques de multinationales qui licencient leur personnel alors qu'elles font des bénéfices, ou comme Nike, dont certains sous-traitants utilisent le travail des enfants.
Prétendu ingénieur, Fred Leuchter Jr se fait une réputation de technicien assez habile pour réparer chaises électriques, machines à injection, potences ou chambres à gaz de son pays. En bon "humaniste" selon ses propos, la peine de mort ne doit pas être une boucherie et une torture pour le condamné. En 1988, sa réputation lui vaut d'être appelé par un néo-nazi accusé de révisionniste accusé d'incitation à la haine raciale par le Canada. celui-ci, Ernst Zundel, lui demande en tant qu'expert, de se rendre à Auschwitz et d'y prélever clandestinement des échantillons qui, expertisés, devront révéler ou non la présence de gaz et donc de chambres à gaz. Leuchter, qui n'a aucune compétence et ne connaît rien au site d'Auschwitz, très modifié après la guerre, conclut à la non existence des chambres à gaz. Auréolé de gloire par ses nouveaux compagnons nazis, Leuchter perd tout: son épouse, ses contrats avec les pénitenciers, sa réputation.