Mickey est sur le point de faire sa grande pause en tant que cinéaste amateur, lorsqu'il devient le "témoin parfait" d'un tueur en série.
Scooby-Doo et sa bande d'amis détectives passent quelques jours de repos bien mérité au Mexique. Mais dans la ville de Véracruz, une terrifiante créature gigantesque sème la panique parmi les touristes. Courageux malgré lui, Scooby-Doo tente de lever le voile sur ce mystère. Et si quelqu'un se cachait sous le costume du monstre ?...
Montag le magnifique exécute devant les spectateurs des tours de magie en choisissant des jeunes femmes dans le public et en les mutilant sur scène. Mais ce que l'on pense être une illusion devient réalité à la suite des représentations. La journaliste Sherry Carson tente de faire venir le magicien sur son plateau dans le but de l'interviewer. Son compagnon, lui se méfie et tente d'éclaircir ce mystère.
Un tueur en série sévit dans la région et la Police a déjà mis la main sur quatre cadavres à ce jour. A chaque découverte le même constat morbide : les corps sont méconnaissables et seuls les os restent intacts. C'est dans ce contexte qu'intervient Hyun-Jun dont la spécialité est la reconstitution faciale : en partant de crânes humains, notre spécialiste de la Police Scientifique peut reconstituer les visages des victimes tels qu'ils étaient avant l'altération des tissus et ainsi retrouver leur identité. Très vite, alors qu'il travaille sur le quatrième crâne retrouvé, Hyun-Jun va découvrir que ce dernier meurtre a un rapport avec sa fille dont l'état de santé s'aggrave depuis qu'elle a subi une opération de greffe du cœur…
A New York, en 1977, le journal du New York Times, fait mention dans ses colonnes de l'existence de toute une colonie de clochards vivant dans les souterrains qui serpentent dans les égouts de la ville. Mais d'autres rumeurs disent que ces souterrains serviraient à stocker en secret des déchets. « A.J », un ex-détenu que l'on surnomme aussi « le Révérend », et qui vient en aide aux miséreux, en leur offrant « gîte et couvert », signale la disparition de l'un de ses plus fidèles sans-abri, mais au commissariat, personne ne daigne lever le petit doigt pour des laissés pour compte. Même le Capitaine Bosh, qui a déjà mis « A.J » sous les verrous, ne s'y intéresse pas. Pourtant, lorsque sa femme ne rentre pas un soir, il décide d'en savoir un peu plus sur ces disparitions, en lui rendant visite. « A.J » lui affirme qu'il n'est pas le seul à ne plus venir manger et qu'étrangement, ce sont seulement ceux qui vivent dans le sous-sol, qui ont disparu.
Le soir de Halloween, dans une ville, ceux qui ne suivent pas les règles de cette fête le font à leurs dépens...