George Almore est un roboticien sur le point de faire une découverte capitale. Dans un laboratoire secret, il élabore un robot humanoïde dont le dernier prototype, J3, est presque terminé. Chaque modèle est une réplique de plus en plus avancée de sa femme Jules, décédée lors d’un brutal accident de la route. Porté par son amour pour elle toujours vivace, George a volontairement omis de divulguer le véritable but de ses recherches: créer un clone parfait de son épouse.
Alex Harris, un brillant professeur en cybernétique, a mis au point l'ordinateur le plus perfectionné du monde. Doté d'un cerveau artificiel qui a nécessité des années de travail, Proteus IV est mis à la disposition des intelligences humaines qui l'ont créé. Il parle comme un humain et ses capacités de logique et de réflexion se développent à grande vitesse. Ainsi, très vite, l'ordinateur manifeste le désir d'étudier l'homme.
Il y a quelques années, un pirate informatique surnommé « le rieur » avait kidnappé pendant deux jours un industriel fabricant des micromachines dans le domaine médical. Le criminel était apparu sur une chaîne de télévision affublé d’un smiley naïf à la place du visage. Depuis, on lui prête l’orchestration d’un vaste racket auprès de différentes sociétés de micromachines. 6 ans plus tard, le rieur refait son apparition et pirate le cerveau d’un préfet de police. Il dit vouloir ouvrir les yeux du monde sur un vaste complot médico-politico-militaire. C’est alors que la Section 9 est confrontée à nombreux actes terroristes commis par des individus se réclamant tous être « le rieur ». Mais qui sont ces copies ? Qui est l’original ? Certains groupuscules ne se serviraient-ils pas du rieur pour œuvrer à leurs fins ? Motoko et son équipe doivent démêler cet écheveau qui ira jusqu’à mettre en péril la vie de plusieurs membres de la cyber-police.
Quand la mission de capture d'un robot rebelle part à vau-l'eau, une brillante analyste spécialisée dans l’antiterrorisme se résout malgré elle à faire confiance à l'IA.
En 2074, une entreprise crée une femme-robot pour infiltrer les entreprises rivales grâce à ses charmes et ensuite se transformer en bombe. Mais, celle-ci commence à avoir des sentiments et tombe amoureuse d'un militaire spécialiste en arts martiaux.
Le docteur Charles Forbin a mis au point un super ordinateur qui va prendre en charge la gestion des défenses militaires américaines. Mais, seulement quelques minutes après sa mise en service dans des conditions réelles, la machine envoie un énigmatique message : «Il y a un autre système !». C’est le début d’une aventure qui risque de changer le destin de l’humanité…