Après le meurtre de son meilleur ami et de deux autres espions, un ancien flic mène l'enquête au sein de l'ambassade d'Inde à Budapest.
Ethan Hunt, un agent secret de haut niveau, est accusé de la mort de son équipe d'espionnage. Alors qu'il fuit les criminels du gouvernement, qu'il s'introduit dans la chambre forte la plus impénétrable de la CIA et qu'il se cramponne au toit d'un train à grande vitesse, Hunt se retrouve dans une course effrénée pour devancer ceux qui le poursuivent… et se rapprocher petit à petit d'une vérité bouleversante.
L'agent Ethan Hunt doit récupérer et détruire un virus mortel, baptisé « la Chimère », qui a été dérobé par son ancien collègue Sean Ambrose. Ce dernier détient l'antidote et se terre dans un laboratoire de Sydney. Pour infiltrer son quartier général hautement sécurisé, Hunt et son assistant Luther Stickell tentent d'approcher Nyah Hall, l'ancienne petite amie de Sean.
Ethan Hunt a quitté Mission Impossible. Il forme désormais les futurs agents du gouvernement américain. Un poste qui devrait enfin lui permettre de mener une existence tranquille auprès de sa femme Julia. Mais quand Lindsey, l'une de ses élèves, est kidnappée à Berlin par Owen Davian, un trafiquant d'armes, Ethan se sent obligé de lui porter secours et repart, sans hésiter, en mission pour la libérer.
Conducteur de locomotive, Johnnie Gray habite à Marietta, en Géorgie. Il est fiancé à Annabelle Lee. La guerre de Sécession éclate : le père et le frère de la jeune fille sont incorporés. Pas Johnny, qu'on juge plus utile à son poste et qu'entache ainsi, aux yeux de tous et même de sa fiancée, un soupçon de couardise. Un jour, des soldats nordistes volent sa locomotive, la «General», et enlèvent dans la foulée sa fiancée, Annabelle Lee. De peur d'être définitivement pris pour un lâche, Johnnie s'en va-t-en guerre : il se lance seul à la poursuite des voleurs...
Adrien Dufourquet, soldat 2ème classe en permission à Paris, assiste à l’enlèvement de sa fiancée, Agnès. Il se précipite sur la trace des ravisseurs et arrive à Orly. Sans un sou en poche, il monte dans un avion à la suite d’Agnès et se retrouve le lendemain à Rio de Janeiro, pris aussitôt entre la police brésilienne et une effroyable équipe de tueurs…
Eric O'Neill est promu par le FBI dans le nouveau service de Robert Hanssen dédié à la protection des informations top secrètes du FBI. Son enthousiasme vire rapidement à l'angoisse quand il découvre la vraie raison de son étonnante promotion: Robert Hanssen, suspecté de vendre à l'ex-URSS des informations majeures, fait l'objet d'une enquête. Eric O'Neill va devoir utiliser la confiance grandissante de son chef pour révéler sa traîtrise. Pris au piège dans ce double jeu d'espion, il s'engage dans un combat acharné pour sauver sa vie, sa famille et son pays.
Brian Cooper, plus connu sous le nom de "Super Dragon" est un agent secret. Pendant ses quelques jours de vacances, il apprend la mort d'un de ses amis qui enquêtait sur le comportement étrange d'un groupe d'étudiants frappés par une folie inexplicable. Super Dragon reprend l'affaire au pied levé.
James Clayton, un jeune homme intelligent et rusé, est recruté par Walter Burke, vétéran de la CIA, pour faire partie des services secrets américains. Mais avant de devenir un membre opérationnel, il doit survivre à The Farm, le lieu secret d'entraînement de la CIA. James s'impose rapidement comme l'un des meilleurs éléments de sa promotion et tombe amoureux de Layla, une autre élève. Alors qu'il s'interroge sur sa situation actuelle, Burke lui demande d'accomplir une mission à haut risque, à savoir démasquer une taupe à l'intérieur de l'Agence. Il va alors vite se rendre compte que les devises de la CIA sont plus que vraies : "Ne fais confiance en personne" et "La réalité n'est jamais celle que l'on croit". James aura rapidement l'occasion d'expérimenter toutes les autres lois d'une profession à part…