Au XVIe siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.
Mika, infirmière le jour et hôtesse la nuit, et Shinji, ouvrier intérimaire dans le bâtiment, se rencontrent plusieurs fois par hasard dans Tokyo. Tokyo exacerbe en eux deux les mêmes angoisses : la peur de la mort, de la solitude, de la pauvreté. Leur rencontre va peut-être leur permettre de surmonter leur fatalisme.
L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.
En 1943, le colonel Saïto dirige un camp de prisonniers dans la jungle birmane. Il reçoit l’ordre de construire un pont sur la rivière Kwaï et d’y faire travailler les détenus, y compris les officiers, au mépris des conventions internationales. Le colonel anglais Nicholson, capturé à Singapour avec ses troupes, refuse énergiquement de participer au chantier. Saïto pense pouvoir le faire plier en le soumettant à toutes sortes de vexations et de sévices, mais Nicholson tient bon. Son geôlier finit par céder. Nicholson accepte alors, de son plein gré, de prendre la tête des opérations pour montrer aux Japonais de quoi sont capables les soldats de Sa Majesté. Pendant ce temps, un commando américain progresse prudemment vers le site, dans le but de faire sauter l’ouvrage…
Dolls regroupe trois histoires d'amour inspirées d'un spectacle de poupées du théâtre Bunraku.Dans la première, Matsumoto et Sawako forment un couple heureux, mais les pressions exercées par leurs deux familles vont les forcer à faire un choix tragique.Dans la deuxième, Hiro, un chef yakuza, retourne dans un parc où il avait l'habitude de voir sa petite amie, et se souvient... Trente ans plus tôt, il était un pauvre ouvrier et s'est retrouvé forcé de se séparer de la jeune fille pour intégrer le milieu du crime.Dans la troisième, Haruna, dont le visage est recouvert de bandages, passe le plus clair de son temps à regarder la mer. Peu de temps auparavant, elle était une star de la musique, habituée à signer des autographes et à se montrer à la télévision. Nukui est sans aucun doute son plus grand fan et aujourd'hui, il compte bien le lui prouver.
Après quelques jours passés en prison, Ichi (Shintarô Katsu) poursuit son errance à travers le Japon. Il séduira une yakuza, fera la connaissance d’un rônin peintre et poète à ses heures (Ken Ogata) et, bien sûr, ne manquera pas d’aller faire un tour dans les maisons de jeu histoire de se remplir les poches. Le masseur finira enfin par trouver un peu de repos auprès des enfants d’un orphelinat. Mais comme toujours, il sera amené à faire couler le sang pour défendre sa propre vie ou protéger les innocents.